La grip procina, coneguda com a grip A(H1N1) arreu del món i com a grip nova a l’Estat Espanyol, era una mutació del virus de la grip que afecta als porcs. El nou virus però, podia afectar persones i a la vegada hi havia indicis que la mutació havia dotat al virus de la capacitat de transmetre’s entre persones. Així doncs, hi havia indicis clars de perill de pandèmia: un nou virus contra el que no estem preparats i que, a més a més, s’encomana entre persones (cal recordar que la grip aviar, tot i ser en humans molt més virulenta, no s’encomanava entre persones).

De seguida es va procedir a aïllar als malalts que presentaven símptomes de grip i que o bé havien viatjat a Mèxic o havien estat en contacte amb persones que sí que hi havien viatjat. Paral·lelament, seguint els protocols establers, l’OMS va anar elevant el risc de pandèmia fins al nivell 5, el de pandèmia imminent, en el que ens trobem ara.

La cosa sembla que, més o menys, s’ha controlat. Seguim en el nivell 5 de pandèmia, però el virus sembla ser molt menys virulent del que es temia i el nombre de nous casos no augmenta al ritme dels primers dies. Segurament hi acabarà havent una pandèmia però l’afectació serà com a molt, com la grip estacional.

A la que la cosa s’ha calmat una mica però, ja hi ha les veus que anuncien que se n’ha fet un gra massa, que tot plegat és només un muntatge per despistar de la crisi, per blocar les exportacions de carn de porc d’alguns països,… ja no entro a valorar les diferents teories conspiradores sobre l’origen del virus.

El que sí que voldria fer són algunes reflexions sobre la situació. Primer de tot, no crec que se n’hagi fet un gra massa, com a mínim, des de l’OMS: hi ha uns protocols clars i públics que indiquen quan i com s’han de delcarar els diferents nivells de risc de pandèmia i què cal fer quan es passa d’un nivell a l’altre. En segon lloc, estem parlant d’un virus nou, els virus són patògens altament mutables i que a vegades costa de predir què faran i com aniran. És molt difícil saber com reaccionarà el cos humà davant d’un nou patogen i, és més, qui sap si en plena expansió, un nou virus que sembla poc greu, fa una nova mutació i es torna més virulent?

Així doncs, trobo ben normal que en aquests casos s’aïllin els malalts, les autoritats sanitàries es posin en contacte amb les persones que han estat en contacte amb un cas confirmat,… No podríem pensar que, potser, si la cosa no ha anat més enllà és perquè s’ha actuat com cal?

M’explico. Fins ara, els congressos als que he anat, a gent, en fer una xerrada exposava un problema, explicava amb força detall la metodologia emprada per abordar-lo i, finalment, mosatrava uns resultats i conclusions. En el congrés de la setmana passada, en general, no va ser així. En la majoria de xerrades se’ns exposava un problema, una caixa negra el resolia i al final, se’ns mostraven uns resultats i unes conclusions. I, a més a més, sovint, sense massa detalls per qüestions de “propietat intel·lectual”.

El per què? doncs, perquè la majoria de xerrades la feien laboratoris farmacèutics. I és aquí on rau el problema. Entenc que en aquests tiups de congressos hi ha d’haver presència de la indústria, em sembla bé i tot! també puc arribar a entendre que, quan un laboratori fa una xerrada, no expliqui tots els detalls. Però, el que ja no entenc és com pot ser que en un congrés, la gran majoria de xerrades les facin laboratoris farmacèutics i que, per tant, el nivell d’intercanvi de coneixement sigui tant baix.

Això és el que m’ha falalt d’aquest congrés. Com en molts congressos, hi havia expositors de diferents laboratoris i empreses, cosa que em sembla bé ja que són patrocinadors. Però, d’aquests expositors, tots, van xerrar (això ja em sona a “si pagues per un expositor, podràs xerrar”), però, a més a més, hi havia patrocinadors dels que… tots, també van xerrar.

Tinc la sensació que, qui ha xerrat ha estat perquè ha pagat. La gran majoria de xerrades eren d’empreses i, per tant, explicàven ben poc. I, de les poques universitats que han xerrat, quasi totes han mostrat resultats de col·laboracions fetes amb els laboratoris i on molts detalls no eren explicats per “no violar la propietat intel·lectual”.

Quan pagues per anar a un congrés pots entendre que hi haurà uns patrocinadors, que algunes xerrades les faran ells,… però, a canvi, esperes aprendre, veure coneixement. Aquests dies, he après, no ho nego (com he dit, era el meu primer congrés del tema), però m’he quedat una mica amb la sensació que hem pagat un congrés per anar a una fira de mostres on, tot de comercials encorbatats (sí, la majoria homes i ben “entrajats”), ens expliquin les meravelles que fan les seves empreses, però que ens les expliquin agafant com a exemples antics projectes solucionats per caixes negres.

Quan s’enlaira un satèl·lit a l’espai, aquest és propulsat per un coet, que el porta a dins. En condicions normals, una vegada enlairat, la càpsula transportadora del coet, s’obre i deixa el satèl·lit en òrbita mentre el coet cau al mar. Ahir, per quelcom que encara no se sap, la càpsula no es va obrir i l’OCO, va anar a parar al mar, prop de l’Antàrtida, juntament amb el coet que el transportava.

L’OCO era una missió interessant, fent una òrbita polar (i no equatorial, com fan la majoria de satèl·lits de telecomunicacions), havia de permetre fer un mapa de la concentració de diòxid de carboni al planeta cada 16 dies. Aquests mapes haurien d’haver permès identificar, a banda dels punts de més emissió (per aquests no cal un satèl·lit), els punts on s’absorveix més CO₂ (segurament, oceans i grans masses forestals). La identificació d’aquests punts podria haver permès estudiar-los i potenciar-los, de cara a reduir les concentracions de diòxid de carboni a l’atmosfera.

El mes d’octubre passat vaig acabar una tesi en química computacional. Què vol dir això? doncs que vaig fer una tesi on aplicava mètodes de la química computacional a resoldre problemes químics o bioquímics reals. Com ho feia? introduint una sèrie de molècules (un fitxer amb coordenades espaials “xyz” de la molècula a estudiar) a l’ordinador que, mitjançant uns determinats programes, obtenia l’estructura molecular de menys energia.

Bé, i què és això de l’estructura molecular de menys energia? una molècula, com tot, tendeix a estar en una forma que impliqui la menor energia possible. Com a exemple, penseu en la cera d’una espelma. Quan tenim l’espelma en forma d’espelma, la cera és sòlida però, si li administrem energia, l’excitem, passarà a una forma de més energia, líquida que, quan es refredi, tornarà a l’estat de menys energia, sòlid (tot i que haurà patit una transformació i tindrà una forma diferent a la inicial). Els programes que he emprat per fer els meus “càlculs” busquen quina estructura molecular té la mínima energia.

I què n’he fet d’aquestes estructures de mínima energia? Estudiar reaccions. Una reacció química és un procés de tres etapes. Es comença amb uns reactius per separat (l’espelma i el foc -sense que hagin entrat en contacte-) i s’acaba amb uns productes (l’espelma ja apagada amb una forma diferent a la inicial). Pel mig hi ha hagut un estat excitat anomenat estat de trancisió (l’espelma cremant). Amb l’ordinador es poden estudiar aquests tres estats d’una reacció i analitzar-la així, amb molt detall.

Els mètodes computacionals, sovint, ajuden a entendre el perquè una reacció té lloc en unes circumstàncies i no en unes altres, a analitzar les diferents vies per les que pot anar una reacció, perquè el producte d’una reacció és diferent a l’esperat,…

Durant la tesi, he aplicat aquests mètodes a entendre diferents sistemes de química orgànica i bioquímica. El protagonista ha estat un aminoàcid anomenat selenocistgeïna, aquest és un aminoàcid peculiar, poc freqüent i present en proteïnes que catal·litzen (controlen) reaccions on hi ha intercanvi d’electrons. Doncs bé, la selenocisteïna és molt similar a un altre aminoàcid anomenat cisteïna, però el primer té seleni on el segon hi té sofre. Aquest apartat de la tesi compara (analitzant totes les etapes d’una reacció catal·litzada per un enzim que conté selenocisteïna) quins avantatges té el seleni en front del sofre. Els resultats que tinc de moment mostren que el sistema amb seleni perd els electrons més fàcilment que no pas el sistema amb sofre.

A banda del tema anterior, col·laborant amb dos grups experimentals (dels que treballen amb tubs d’assaig i provetes), la tesi presenta l’estudi de tres reaccions orgàniques: la síntesi de 4-helicenoquinones, la síntesi de 5-helicenoquinones i l’ús de sals de guanidini com a catal·litzadors. En aquests tres projectes s’ha estudiat el perquè de determinats resultats experimentals, clarificant els processos intermitjos de la reacció i justificant el perquè d’algunes de les característiques dels productes.

En la propera entrega parlaré del que faig actualment a la feina.

La millor manera, doncs, és fent ús de Pybel, un mòdul Python per fer servir eines de l’Openbabel des de codi Python. La manera de fer-ho és ben senzilla. Des de Python:

>>> import pybel #importarem el mòdul
>>> smiles = ['CCCC', 'CCCN'] #Array de molècules
>>> mols = [pybel.readstring("smi", x) for x in smiles] #Llegim les molècules
>>> fps = [x.calcfp() for x in mols] #calculem els fingerprints (descriptors)
>>> print fps[0] | fps[1] #finalment, calculem el coeficient
0.333333333333

I… llestos! suposo que hi deuen haver maneres més acurades i que, com tota cosa estadística, com més descriptors es tinguin per cada molècula, millor, però, per a començar, no va gens malament i el mètode és molt fàcil d’implementar.

Paral·lelament, la companyia sueco-americana AstraZeneca comercialitza, des de fa uns mesos, la vacuna contra aquest virus. A Europa es coneix com a Cerverix i als Estats Units com a Gardasil. A Catalunya, la vacuna s’ha inclòs al calendari de vacunacions.

Així doncs, es pot pensar que aquesta meitat del premi pot afavorir la companyia farmacèutica. Doncs bé, ara s’ha sapigut que fa uns mesos, alguns organismes depenent dels Nobel, van rebre donacions d’aquesta companyia. Ara s’ha obert una investigació criminal sobre el tema per estudiar si aquestes relacions econòmiques poden incórrer en algun delicte de conflicte d’interessos.

A més a més, el possible conflicte d’interessos podria anar més enllà ja que, un dels memebres del jurat, l’investigador de l’Institut Karolinska Bo Angelin, també treballa per la companyia. Un altre membre del comitè dels Nobel de Medicina hauria fet de consultor per la mateixa empresa l’any 2006.

En parlen diferents mitjans:

• Swedish Officials Investigating Nobel Prize Board
• Astra Zenecas samarbete med Nobelstiftelsen ifrågasatt
• Nobelpriset är kul och intressant

Caldrà veure com evoluciona el tema, si va més enllà i fins on arriba. Personalment, espero que no passi d’aquí, que, realment, es provi que no hi ha cap relació i que la reputació dels premis no quedi en entredit.

Un exemple ben senzill és quan es té una llista A:

a = ['carboni', 'nitrogen', 'hidrogen']

I ho volem comparar amb una llista B:

b = ['oxigen', 'nitrogen', 'molibdè', 'calci', 'sofre']

Ara volem comparar les dues llistes, primer generem els dos sets

as = set(a)
bs = set(b)

Ara, per exemple, obtindrem una llista consens, és a dir, amb els elements comuns d’ambdues llistes:

as.intersection(b)

Això és un petit exemple, però, a partir d’aquí, es poden fer meravelles. Aquí hi ha un petit tutorial, molt didàctic.

Aquí, a l’Estat Espanyol, durant anys hem viscut de l’economia del “totxo”, s’ha anat inflant una bombolla que ha donat molts beneficis, els bancs donaven hipoteques a tort i a dret, els preus pujaven, es construïa més i no augmentava l’atur. Però tot s’ha basat en això. Hem viscut molt bé però hem viscut en el conte de la lletera… i ara, hem ensopegat, la lletera s’ha trencat i hem perdut tota la llet. I ara què?

Fa anys que els nostres científics han d’emigrar si volen fer carrera. Fa anys que per engegar una idea científico-tecnològica en forma d’empresa cal molta paciència i creuar els dits. Fa anys que es demana que s’aposti més per la recerca i la innovació. Fa anys que es veia a venir el que passa i ha passat. I seguim igual. Ara, els preus dels immobles baixen, els bancs perden diners, s’atura la construcció, augmenta l’atur,… i? i no tenim cap altre motor econòmic per sortir-nos-en.

Mentrestant, els polítics miren de pal·liar el tema i solucionar el problema. Com? mirant d’estimular de nou la construcció. Donant ajudes als ajuntaments perquè executin obres de manera immediata, accelerant l’obra pública, invertint en infraestructures,… però, en època de crisi hi ha menys diners i, si se n’inverteixen més en d’altres sectors,.. es retalla cooperació, recerca, universitats,…

Al País Valencià les universitats fa temps que agonitzen en una situació “d’escac i mat”, els han retallat el finançament. El mateix passa a Navarra. Ahir el director de l’IMIM en la xerrada nadalenca també deia que els plans de recerca havien estat retallats i hi havia menys pressupost,… Tot enmig de promeses d’estímul de la recerca. I, quan en diferents àmbits, s’apunta la biotecnologia com a refugi segur per les inversions.

És a dir, lluny de canviar de xip, de reconèixer que ens hem equivocat i que cal rectificar, ens reafirmem en allò que ens ha fet ensopegar, que ha demostrar no ser vàlid. Així estem i així estarem. Entenc que no pots agafar un manobre i tancar-lo de cop en un laboratori (amb tots els respectes per tothom) i que cal ajudar una mica a un sector quan aquest fa aigües. Però, d’aquí a basar tots els plans de recuperació en reflotar quelcom que ens ha enfonsat, hi ha tot un món.

Ara hauria estat un bon moment per fer créixer una cultura del coneixement en paral·lel a la del “totxo”, però en fi, l’home és l’únic animal que ensopega dues vegades amb la mateixa pedra i, si l’home és espanyol i a més a més, polític, les ensopegades poden, pel que sembla, arribar a tendir a infinit.

A Estats Units, per exemple, un dels punts a favor d’una universitat és la quantitat de diners que es reben de fons privats (ja siguin persones a títol individual o empreses). La recerca necessita grans quantitats de diners (no sempre assumibles per les administracions públiques) i la filantropia els pot aportar i, a més a més, els aporta deslligats de burocràcia, són diners dels que es pot disposar (quan hi són) ràpidament, deslligats de convocatòries i terminis.

En l’article es posa, com a exemple de filantropia a la catalana, la Marató de TV3, enguany dedicada a les malalties mentals greus. La Marató aporta grans quantitats de diners (recollits quasi tots de les aportacions -donatius- privades) a la recerca d’un camp concret. En l’exercici anterior (juliol 2007-juny 2008) es van recollir un total de 8.540.829,09 d’euros dels quals, més de set milions provenen dels donatius.

D’aquests més de vuit milions, un 82.55% es destina de manera exclusiva a recerca, un 11.7% a difusió i sensibilització i, finalment, el 5.75% a les despeses de la pròpia fundació. A casa nostra, aportar 7.051.359,92 euros a la recerca no és una xifra gens despreciable.

Com comenta l’article, aquí no tenim grans fortunes (com seria un Bill Gates), però casos com el de La Marató que sap incentivar les donacions per situacions concretes (malalties que ens afecten o ens poden afectar de prop) són un exemple del molt que podria donar la societat del país si hi hagués una mica més de cultura del mecenatge científic.

Sí, es dirà que aquestes vagues eren convocades pels sindicats estudiantils, i que, per tant, també representaven als estudiants. El problema és que aquests sindicats eren, sovint, presents només als claustres universitaris i llunyans al dia a dia de les facultats, deixant els espais més propers (Juntes de Facultat i Consells d’Estudi) per la resta de sindicats o grups minoritaris. En fi, la sensació era d’anar treballant dia a dia mentre “els grans” decidien guanyar protagonisme i fer, tot sovint, vagues i grans mobilitzacions al marge del dia a dia i de la comunitat universitària en si.

Veig que amb el temps poca cosa ha canviat. Pel que conec del Pla Bolonya, no crec que sigui tant dolent com se’ns pinta, tot el contrari! tot el que serveixi per millorar la qualitat de les nostres universitats (tant a nivell de docència com a nivell de recerca), benvingut sigui! I, si té algunes coses dolentes o que calen millorar, posem-nos’hi i mirem de solucionar-les. Però, d’aquí a forçar (prohibir) la gent a anar a classe, tancar les facultats, i demanar referèndums absurds, hi ha tot un món.

Aquests dies a les facultats i edificis on hi ha tancades s’han programat tot d’actes “alternatius”, taules rodones, conferències,… hi ha quelcom que tota aquesta gent no ha après: si una cosa té la universitat, és que és un espai d’intercanvi, de cultura i de coneixement. No cal embrutar les facultats per fer-hi conferències!

Per estar al dia del tema Bolonya, us recomano algunes lectures de’n Jordi Villà i n’Enric Canela, molt més acurades que la meva opinió i prou clarificadores: Bolonya: Fi de les primeres jornades de festes? i Bolonya. En ambdós blocs hi trobareu més articles relacionats.