Category Archives: Publicacions

Revistes d’accés obert

Ahir al vespre vaig anar a una xerrada sobre les llicències Creative Commons i em va fer pensar en un escrit que fa temps que tinc al tinter. El començo amb una pregunta-reflexió: imagineu que vosaltres produiu quelcom i necessiteu algun servei per fer públic això que produiu. Aquest servei s’ha de pagar. Què és més lògic, A)pagar per a que aquest servei faci públic això que feu? o, B) pagar per a poder llegir allò que aquest servei us ha publicat.

Anant a un nivell més elevat. Penseu en una universitat que produeix molts resultats científics que han de ser publicats. Què és millor, que la universitat pagui per a publicar o que pagui per a, després, poder accedir a llegir allò que ha publicat?

Els mètodes actuals de la majoria d’editores de revistes científiques funcionen publicant de manera gratuïta però cobrant per accedir als continguts. És a dir, jo, com a ciutadà, finanço un sistema de recerca públic però després he de pagar per accedir a allò que produeix aquest sistema de recerca. Els grups poden publicar de manera gratuïta a la majoria de revistes (després de passar per uns determinats “controls de qualitat”) però han de pagar per llegir el que han fet.

És més, sovint, els autors d’aquests articles científics no poden ni difondre els seus propis articles: tots els drets són de l’editora.

Hi ha però algunes alternatives que canvien la mentalitat. Un exemple, les revistes del grup PLoS (Public Library of Science). En elles, i en d’altres que funcionen amb la política de l’accés obert, els grups de recerca paguen per a publicar però, en canvi, tot el contingut és lliure, llicenciat sota una llicència Creative Commons, tothom pot accedir i difondre’n el contingut. És a dir, el servei de publicació es paga per a publicar i no per a llegir. A més a més, a diferència del que passa amb la majoria d’editores, els autors poden difondre tranquil·lament les seves creacions.

Aquestes revistes són encara una minoria (les de PLoS i alguna més) però, espero que poc a poc la filosofia de l’accés lliure es vagi extenent. La qualitat dels articles no es veu perjudicada, aquestes revistes segueixen tots els protocols de revisió d’articles de la resta d’editores i, en canvi, els avenços científics poden ser molt més grans al alliberar tot el coneixement de manera gratuïta i posar-lo a l’abast de tothom.

No turning back

Crec que puc subscriure l’editorial del Nature d’aquesta setmana sense quasi ni pensar-m’ho. Aquesta revista en el seu moment va parlar de l’esforç que estava fent l’Estat Espanyol en recerca. És hora ara però, que es faci ressò del disbarat que estan aprovant a Madrid. I ho fa, amb linia dura.

Spain should not use the recession as an excuse to stall plans to boost its scientific enterprise.

The past two decades have seen Spain transform itself from a scientific backwater into an internationally respected player in the research world. Much of that progress has occurred since the Socialist Party swept to power in 2004, pledging to turn Spain into an innovation economy (see Nature 451, 1029; 2008).

During the Socialists’ first term in office, for example, they doubled the science budget to just over euro8 billion (US$12 billion), pushing it above 1.1% of the country’s gross domestic product (GDP) and much closer to the European Union average of 1.8% of GDP. The party was re-elected in 2008, having pledged to cut bureaucracy and push funding for research to a target of 2% of GDP. Almost immediately it set up the Ministry of Science and Innovation, finally extracting science from under the purview of the education ministry. Cristina Garmendia, a molecular biologist who has founded several successful biotechnology companies, was appointed as head of the new ministry.

Since then, however, the momentum has been lost. Garmendia’s political inexperience has shown. She was slow to build up a functioning ministry, and has not developed the necessary political clout to convince the government, now grappling with the global recession, to stick to its vision for science.

Granted, the government has bolstered financial support for the country’s budding biotechnology and other high-tech industries. But its draft budget for 2010, unveiled in September, proposed a cut of 45% for directly funded basic research. An outcry from the research community reduced that cut to 15%, and an extra 2.8% top-up for the science ministry is likely to emerge during parliamentary discussions. But this would still be a heavy blow to the country’s research base.

Meanwhile, the government has yet to produce its much-heralded law for science. This was supposed to create an independent granting agency and reform the country’s inflexible system of academic recruitment, under which university professors and government scientists are civil servants with an automatic right to employment until they retire. Dates for the law to be presented to parliament have been set and then withdrawn, apparently because some parts of the government do not want to exclude scientists from rules that apply to other government employees. Hiring new researchers continues to be a difficult and slow process, and it is almost impossible to offer a competitive package of salary and research money. The science ministry now says that the reform law will be presented to parliament before the end of the year, but the research community is losing faith that this will happen.

In the long-term, industry will be poorly served by a failure to develop and maintain a strong basic-research base. Spain is ill-advised to wed itself to the simplistic and outdated notion that a country can live on transferring knowledge while running down the knowledge generator. This is not a wise way to respond to the financial crisis.

Spain would do far better to emulate the commitments made last month by two other European nations as they too wrestle with the economic downturn. In Germany, a rich country with a near-stagnant economy, the centre-right government is cutting back public expenditure for 2010 everywhere except research and education, to which it is giving huge increases (see Nature 462, 24; 2009). In Greece, a poor country with an economy in recession, the centre-left government says it will likewise cut public expenditure for 2010 everywhere except research and education, to which it is giving modest increases. The governments in both countries also plan to remove some of the red tape that restricts research.

Spain enjoyed one great period of intellectual brilliance in the early nineteenth century, referred to as its Silver Age. Until recently, Spanish scientists were optimistic that they were on their way to a second Silver Age. Now they joke that Spain is heading towards a Bronze Age. But they’re not laughing.

Nature 462, 137-138 (12 November 2009) | doi:10.1038/462137b; Published online 11 November 2009

Com ser un bon científic en un país en desenvolupament

Fa ja uns mesos vaig parlar d’un article publicat a la revista PLoS Computational Biology que posava la “ciència computacional” com a exemple de ciència que es podia fer en un país en desenvolupament.

Fa uns dies, la mateixa revista n’ha publicat un de molt similar: Ten Simple Rules for Aspiring Scientists in a Low-Income Country (deu normes senzilles per ser un científic en un país en desenvolupament). L’article no deixa de ser “curiós” i, igual que el que comentava fa uns mesos, interessant. De fet, l’article reflexa una de les coses que, diu, cal tenir en compte: fer-se veure i explicar-se al món.

A banda de les coses “bàsiques” per fer ciència, en destaca d’altres més concretes, que, per sentit comú serien aplicables arreu però, més especialment, en els països en desenvolupament: ser conscient d’on treballes i del poc suport públic que rebràs, publicar a revistes internacionals i fer-te veure al món, tenir col·laboracions locals però també internacionals,…

Fa quatre anys vaig anar a un congrés de “químics teòrics d’expressió llatina” (nom curiós). Científicament no era del millor, però estava bé degut, sobretot, a la gran presència de grups sud-americans. Parlant amb gent d’allà tots coincidien a dir, en certa manera, el que explica l’article que cito: donar-se a conèixer. Segons ells, molts tenim la idea d’ells com a països pobres i que, per tant, estan lluny de la ciència (i ja no parlem dels països centre-americans!) i que, aquell tipus de congrés els anava bé per fer el que consideren més important: donar-se a conèixer, que la “resta” sapiguem que, tot i no tenir pràcticament suport institucional, ells també fan ciència.

No és una “lectura científica” pròpiament, però sí interessant, a més a més, al no ser massa tècnica la pot llegir pràcticament tothom, és un anglès prou planer. Per cert, publicada per una revista del grup PLoS, accés obert per tothom.

Ciència i desenvolupament. Un cas pràctic: Cuba

La ciència és quelcom exclusiu dels països rics? en certa manera sí. Només quan tens unes necessitats socials mínimes cobertes, decideixes invertir en ciència. La ciència és cara i, si en països com el nostre no hi ha una aposta clara de les institucions per la recerca, encara n’hi haurà menys en països on els recursos són més limitats.

Però, podem parlar realment d’exclusivitat? No. I us cito un cas pràctic: Cuba. Consideracions polítiques al marge, el país destaca pel gran nombre de metges i el seu elevat nivell de formació. I, és més, per la “cooperació” que fa aquest país amb els seus metges. Admirable. A Nicaragua, després de la Revolució Sandinista es van fer les brigades alfabetitzadores, sanitàries,… gent amb bona formació acadèmica anava arreu del país per alfabetitzar als seus conciutadans, vacunar-los,… Cuba ho fa amb els seus metges però lluny, fins i tot de les seves fronteres.

Però, tornant a la ciència. En un país embargat és difícil aconseguir material científic, molt difícil! però és un país amb un bon capital humà, amb miseria, sí, però també amb gent molt ben formada en medicina, biologia,… I, pel que sembla, la biologia computacional està esdevenint una sortida a molts científics del país. És més senzill (tot i que no és fàcil) aconseguir ordinadors que reactius.

Un article, Computational Biology in Cuba: An Opportunity to Promote Science in a Developing Country,  publicat el novembre passat a PLoS Computational Biology fa un resum de la situació d’aquest camp de la ciència a Cuba. Parla dels antecedents, del que busquen, dels problemes que tenen iles solucions,…


Computational biology can be considered a supradisciplinary field of knowledge that merges biology, chemistry, physics, and computer science into a broad-based science that is important to furthering our understanding of the life sciences. Although a relatively new area of research, it is recognized as a crucial field for scientific advancement in developing countries. This Perspective introduces our vision of the role of computational biology in biomedical research and teaching in Cuba. Except where individuals are directly quoted, any opinions expressed herein should be considered those of the authors.

PLoS Neglected Tropical Diseases

“Novetat” (per mi) de PLoS (Public Library of Science): Neglected Tropical Diseases, dedicada a les malalties tropicals oblidades. Desconec des de quan es publica aquesta revista però, per a mi, trobar-la ha estat una molt bona notícia. Darrerament he anat veient que el nombre d’articles dedicats a les malaltíes oblidades a la bibliografia en general ha anat en augment, sense tirar coets però de tant en tant he trobat algun article/noticia interessant.

El cas de PLoS és, per mi, especial. En primer lloc és una revista oberta, editada per una entitat sense ànim de lucre, amb llicència Creative Commons, disponible a tothom via internet cosa que per mi ja és una declaració de principis, totes haurien de ser així. Però, PLoS, a més a més, es pot copiar, redistribuïr,… sempre sota la llicència que he comentat.

La “nova” revista pretén tractar les malalties tropicals oblidades des de diferents punts de vista, abordant aspectes com recerca bàsica d’aquestes malalties, tractaments, economia, polítiques, epidemiologia, entrevistes i comentaris d’experts,…  A la vegada, el fet de tenir una revista d’aquestes característiques dedicada a aquesta branca de la recerca pot esperonar encara més un camp que si hagués de dependre només de la recerca privada… malament aniriem.

Malària i Tripanosomiasi africana, dos articles interessants

“Fullejant” la revista Plos Medicine he trobat dos articles que m’han semblat interessants. Parlen de dues malalties que al “primer món” tenim pràcticament oblidades (d’algunes ens en recordem quan hem de viatjar) però que hipotequen molt seriosament el desenvolupament dels països empobrits: la malària i la tripanosomiasi africana.

El primer article, Eliminating Human African Trypanosomiasis: Where Do We Stand and What Comes Next1, parla de la Tripanosomiasi africana. Fa una repassada al passat de la malaltia, a com les potències colonials lluitaven i invertien recursos en controlar-la ja que complicava el desenvolupament de les seves colònies. Després parla del present, la situació actual de la malaltia i la manca de recursos de les antigues colònies per fer-los front. I, finalment, del futur, què s’ha de fer amb la malaltia?

El segon, tema recurrent (però, no per això menys important), The Limits and Intensity of Plasmodium falciparumTransmission: Implications for Malaria Control and Elimination Worldwide2 , la malària i, concretament, la produïda per Plasmodium falciparum. Estudi de la distribució mundial del paràsit l’any 2007, de les zones de risc i d’on hi pot haver, potencialment, malària. La temperatura, que implica la supervivència o no del vector de la malaltia, és quelcom que és té molt en compte a l’hora d’estudiar possibles zones on hi pot haver malària.

1. -Pere P. Simarro, Jean Jannin, Pierre Cattand, Plos Med. 2008 5(2)
2. -, Priscilla W. Gikandi, Andrew J. Tatem, Abdisalan M. Noor, Dave L. Smith, Simon I. Hay, Robert W. Snow, Plos Med. 2008 5(2)

Xampinyons antioxidants (i no ho sabíem!)

L’Agaricus bisporus és el “xampinyó comú”, el que més es cultiva i més es menja. Mai se li han assignat propietats nutritives especials, res que el converteixi en un aliment funcional. En canvi, altres espècies de xampinyó comercialitzades sobretot al Japó, gaudeixen de gran històries com a aliments sans, que van bé pel sistema immune, contra el càncer,… naturalment, són molt més cars i apreciats que el pobre A. bisporus.

Sovint, les bones propietats d’un aliment es relacionen amb el seu poder antioxidant (capaç de neutralitzar els productes oxidants propis del nostre metabolisme), s’acostuma a dir que un aliment ric en substàncies antioxidants és bo. Sense ser la bicoca, és cert. Teoria en mà, si ajudem l’organisme a eliminar allò que l’envelleix i el fa malbé, ens pot durar més. Per això, en certa manera, podem dir que un aliment ric en antioxidants, serà “bo per la salut”. Cal agafar-ho amb pinces ja que hi ha molts factors que influeixen en el correcte funcionament de l’organisme a la vegada que no tot allò que mengem acaba absorbit i fent l’efecte desitjat.

Doncs bé, tornant al xampinyó. Resulta que el xampinyó que trobem al mercat, el blanc, relativament econòmic i, fins ara, sense cap propietat destacable com a aliment funcional, conté moltes més substàncies antioxidants que aquelles espècies japoneses, més cares i apreciades, que gaudeixen de l’etiqueta de beneficioses. La investigació l’han dut a terme científics de l’Institut National de la Recherche Agrinomique (estat francès) i està publicat a la revista Journal of the Science of food and agriculture.

Article interessant: Computer simulations on enzyme catalysis: methods, progress, and insights

Article, review1 molt interessant que fa una posada al dia dels mètodes teòrics existents per a estudiar una catàlisi enzimàtica. Està escrit pel Prof. Arieh Warshel, de la Universitat del Sud de Califòrnia, que, tot i centrar-se molt en els seus mètodes (ell s’ho pot permetre), fa un repàs de tot el que podem fer a l’hora d’estudiar com funciona un enzim.

Primer ens planteja el problema: què és una reacció enzimàtica? com la podem estudiar?. Seguidament, ens fa una introducció a com el podem abordar: els estudis amb models de centres actius són vàlids? cal treballar sempre amb tota la proteïna? com podem validar el nostre mètode?. I, finalment, la solució. Ens parla dels mètodes QM amb models de centres actius, després planteja treballar a nivell quàntic amb sistemes més grans, fa un repàs dels diferents mètodes QM/MM, una mica de base teòrica, com funcionen. Després se centra molt en els estudis EVB (Empirical Valence Bond), un dels seus mètodes estrella.

És un review amb les fórmules justes, ni moltes ni poques, no entra en profunditat en cap mètode però la informació que hi dóna és suficient. A mi m’ha agradat per que ofereix una visió de conjunt, no m’ha aborrit la teoria però tampoc l’he trobat fluix. En fi, crec que és una bona introducció (com a mínim pels que no som químics) a com podem estudiar un enzim. Cal dir que estic content ja que considera que els estudis quàntics amb petits models (el que faig jo) són vàlids només en el cas de les metal·lopreteïnes (amb les que treballo jo) i ho justifica dient que davant la presència d’un metall, l’efecte de la resta de la proteïna és molt més limitat.

1- Warshel A., Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32:425-443

Transplantaments sense rebuig

Una de les coses més delicades dels trasplantaments d’òrgans és el possible rebuig per part del receptor.El sistema immunitari de l’organisme que rep un òrgan d’una altra persona el reconeix com a un cos aliè i estrany i es proposa destruir-lo. Per evitar això, primer es procura que donant i receptor siguin “propers” i, segon, la medicació posterior al trasplantament inclou immunosupressors. Els immunosupressors tenen la finalitat de disminuir l’activitat del sistema immunitari del receptor de manera que aquest no ataqui l’òrgan trasplantat. L’inconvenient? afeblir el sistema immunitari implica augmentar el risc de patir infeccions.

La revista New England Journal of Medicine publica1 aquesta setmana una possible solució: acompanyar el trasplantament d’una “injecció” de cèl·lules mare sanguínies del donant. Aquestes cèl·lules mare, al madurar, donaran lloc a cèl·lules B (que creen anticossos) i cèl·lules T, ambdós tipus són cèl·lules del sistema immunitari. Què fa això? crea un mena d’híbrid entre el sistema immunitari del receptor i el donant (qui aporta l’òrgan i les cèl·lules mare sanguínies), disminuint “l’atac” del receptor contra el nou òrgan.

De moment s’ha provat amb pocs pacients i encara és difícil extrapolar-ho a tothom però, en la majoria dels casos, els receptors d’òrgans als que se’ls ha aplicat aquesta tècnica han pogut abandonar el tractament immunosupressor.

1- Kawai, T. et al. N. Engl. J. Med. 358, 353–361 (2008).

Llibre: Science, Evolution, and Creationism

Book CoverL’Acadèmia Nacional de Ciències dels Estats Units ha publicat el llibre Science, Evolution, and Creationism, amb la idea de potenciar i justificar amb arguments científics l’evolució en front el creacionisme.  L’Acadèmia Nacional de Ciències i  l’Institut de Medicina han aplegat diversos científics per a que mostrin diferents arguments a favor de l’evolució biològica i analitzin les opcions que ofereixen els diferents moviments creacionistes.

How did life evolve on Earth? The answer to this question can help us understand our past and prepare for our future. Although evolution provides credible and reliable answers, polls show that many people turn away from science, seeking other explanations with which they are more comfortable.

Cal dir que als Estats Units el moviment creacionista, oposat a les bases de l’evolució de Darwin,  té un ampli seguiment i massa social. Algunes escoles d’alguns estats, fins i tot, neguen l’evolució explicant a la mainada diferents teories creacionistes. A Europa, tot i que no hi ha tants creacionistes, en podeu veure alguns per la carretera, no és conya, només cal que busqueu cotxes que duguin un adhesiu amb la silueta d’un peix.

El llibre es pot llegir de franc per internet i es pot comprar des d’aquí per poc més d’onze dòl·lars. No l’he llegit però he vist noticies publicitant-lo en diferents mitjans científics que no el deixen gens malament.