Fa ja uns mesos vaig parlar d’un article publicat a la revista PLoS Computational Biology que posava la “ciència computacional” com a exemple de ciència que es podia fer en un país en desenvolupament.

Fa uns dies, la mateixa revista n’ha publicat un de molt similar: Ten Simple Rules for Aspiring Scientists in a Low-Income Country (deu normes senzilles per ser un científic en un país en desenvolupament). L’article no deixa de ser “curiós” i, igual que el que comentava fa uns mesos, interessant. De fet, l’article reflexa una de les coses que, diu, cal tenir en compte: fer-se veure i explicar-se al món.

A banda de les coses “bàsiques” per fer ciència, en destaca d’altres més concretes, que, per sentit comú serien aplicables arreu però, més especialment, en els països en desenvolupament: ser conscient d’on treballes i del poc suport públic que rebràs, publicar a revistes internacionals i fer-te veure al món, tenir col·laboracions locals però també internacionals,…

Fa quatre anys vaig anar a un congrés de “químics teòrics d’expressió llatina” (nom curiós). Científicament no era del millor, però estava bé degut, sobretot, a la gran presència de grups sud-americans. Parlant amb gent d’allà tots coincidien a dir, en certa manera, el que explica l’article que cito: donar-se a conèixer. Segons ells, molts tenim la idea d’ells com a països pobres i que, per tant, estan lluny de la ciència (i ja no parlem dels països centre-americans!) i que, aquell tipus de congrés els anava bé per fer el que consideren més important: donar-se a conèixer, que la “resta” sapiguem que, tot i no tenir pràcticament suport institucional, ells també fan ciència.

No és una “lectura científica” pròpiament, però sí interessant, a més a més, al no ser massa tècnica la pot llegir pràcticament tothom, és un anglès prou planer. Per cert, publicada per una revista del grup PLoS, accés obert per tothom.

La ciència és quelcom exclusiu dels països rics? en certa manera sí. Només quan tens unes necessitats socials mínimes cobertes, decideixes invertir en ciència. La ciència és cara i, si en països com el nostre no hi ha una aposta clara de les institucions per la recerca, encara n’hi haurà menys en països on els recursos són més limitats.

Però, podem parlar realment d’exclusivitat? No. I us cito un cas pràctic: Cuba. Consideracions polítiques al marge, el país destaca pel gran nombre de metges i el seu elevat nivell de formació. I, és més, per la “cooperació” que fa aquest país amb els seus metges. Admirable. A Nicaragua, després de la Revolució Sandinista es van fer les brigades alfabetitzadores, sanitàries,… gent amb bona formació acadèmica anava arreu del país per alfabetitzar als seus conciutadans, vacunar-los,… Cuba ho fa amb els seus metges però lluny, fins i tot de les seves fronteres.

Però, tornant a la ciència. En un país embargat és difícil aconseguir material científic, molt difícil! però és un país amb un bon capital humà, amb miseria, sí, però també amb gent molt ben formada en medicina, biologia,… I, pel que sembla, la biologia computacional està esdevenint una sortida a molts científics del país. És més senzill (tot i que no és fàcil) aconseguir ordinadors que reactius.

Un article, Computational Biology in Cuba: An Opportunity to Promote Science in a Developing Country,  publicat el novembre passat a PLoS Computational Biology fa un resum de la situació d’aquest camp de la ciència a Cuba. Parla dels antecedents, del que busquen, dels problemes que tenen iles solucions,…

Computational biology can be considered a supradisciplinary field of knowledge that merges biology, chemistry, physics, and computer science into a broad-based science that is important to furthering our understanding of the life sciences. Although a relatively new area of research, it is recognized as a crucial field for scientific advancement in developing countries. This Perspective introduces our vision of the role of computational biology in biomedical research and teaching in Cuba. Except where individuals are directly quoted, any opinions expressed herein should be considered those of the authors.

“Novetat” (per mi) de PLoS (Public Library of Science): Neglected Tropical Diseases, dedicada a les malalties tropicals oblidades. Desconec des de quan es publica aquesta revista però, per a mi, trobar-la ha estat una molt bona notícia. Darrerament he anat veient que el nombre d’articles dedicats a les malaltíes oblidades a la bibliografia en general ha anat en augment, sense tirar coets però de tant en tant he trobat algun article/noticia interessant.

El cas de PLoS és, per mi, especial. En primer lloc és una revista oberta, editada per una entitat sense ànim de lucre, amb llicència Creative Commons, disponible a tothom via internet cosa que per mi ja és una declaració de principis, totes haurien de ser així. Però, PLoS, a més a més, es pot copiar, redistribuïr,… sempre sota la llicència que he comentat.

La “nova” revista pretén tractar les malalties tropicals oblidades des de diferents punts de vista, abordant aspectes com recerca bàsica d’aquestes malalties, tractaments, economia, polítiques, epidemiologia, entrevistes i comentaris d’experts,…  A la vegada, el fet de tenir una revista d’aquestes característiques dedicada a aquesta branca de la recerca pot esperonar encara més un camp que si hagués de dependre només de la recerca privada… malament aniriem.

“Fullejant” la revista Plos Medicine he trobat dos articles que m’han semblat interessants. Parlen de dues malalties que al “primer món” tenim pràcticament oblidades (d’algunes ens en recordem quan hem de viatjar) però que hipotequen molt seriosament el desenvolupament dels països empobrits: la malària i la tripanosomiasi africana.

El primer article, Eliminating Human African Trypanosomiasis: Where Do We Stand and What Comes Next¹, parla de la Tripanosomiasi africana. Fa una repassada al passat de la malaltia, a com les potències colonials lluitaven i invertien recursos en controlar-la ja que complicava el desenvolupament de les seves colònies. Després parla del present, la situació actual de la malaltia i la manca de recursos de les antigues colònies per fer-los front. I, finalment, del futur, què s’ha de fer amb la malaltia?

El segon, tema recurrent (però, no per això menys important), The Limits and Intensity of Plasmodium falciparumTransmission: Implications for Malaria Control and Elimination Worldwide² , la malària i, concretament, la produïda per Plasmodium falciparum. Estudi de la distribució mundial del paràsit l’any 2007, de les zones de risc i d’on hi pot haver, potencialment, malària. La temperatura, que implica la supervivència o no del vector de la malaltia, és quelcom que és té molt en compte a l’hora d’estudiar possibles zones on hi pot haver malària.

1. -Pere P. Simarro, Jean Jannin, Pierre Cattand, Plos Med. 2008 5(2)
2. -, Priscilla W. Gikandi, Andrew J. Tatem, Abdisalan M. Noor, Dave L. Smith, Simon I. Hay, Robert W. Snow, Plos Med. 2008 5(2)

L’Agaricus bisporus és el “xampinyó comú”, el que més es cultiva i més es menja. Mai se li han assignat propietats nutritives especials, res que el converteixi en un aliment funcional. En canvi, altres espècies de xampinyó comercialitzades sobretot al Japó, gaudeixen de gran històries com a aliments sans, que van bé pel sistema immune, contra el càncer,… naturalment, són molt més cars i apreciats que el pobre A. bisporus.

Sovint, les bones propietats d’un aliment es relacionen amb el seu poder antioxidant (capaç de neutralitzar els productes oxidants propis del nostre metabolisme), s’acostuma a dir que un aliment ric en substàncies antioxidants és bo. Sense ser la bicoca, és cert. Teoria en mà, si ajudem l’organisme a eliminar allò que l’envelleix i el fa malbé, ens pot durar més. Per això, en certa manera, podem dir que un aliment ric en antioxidants, serà “bo per la salut”. Cal agafar-ho amb pinces ja que hi ha molts factors que influeixen en el correcte funcionament de l’organisme a la vegada que no tot allò que mengem acaba absorbit i fent l’efecte desitjat.

Doncs bé, tornant al xampinyó. Resulta que el xampinyó que trobem al mercat, el blanc, relativament econòmic i, fins ara, sense cap propietat destacable com a aliment funcional, conté moltes més substàncies antioxidants que aquelles espècies japoneses, més cares i apreciades, que gaudeixen de l’etiqueta de beneficioses. La investigació l’han dut a terme científics de l’Institut National de la Recherche Agrinomique (estat francès) i està publicat a la revista Journal of the Science of food and agriculture.

Article, review¹ molt interessant que fa una posada al dia dels mètodes teòrics existents per a estudiar una catàlisi enzimàtica. Està escrit pel Prof. Arieh Warshel, de la Universitat del Sud de Califòrnia, que, tot i centrar-se molt en els seus mètodes (ell s’ho pot permetre), fa un repàs de tot el que podem fer a l’hora d’estudiar com funciona un enzim.

Primer ens planteja el problema: què és una reacció enzimàtica? com la podem estudiar?. Seguidament, ens fa una introducció a com el podem abordar: els estudis amb models de centres actius són vàlids? cal treballar sempre amb tota la proteïna? com podem validar el nostre mètode?. I, finalment, la solució. Ens parla dels mètodes QM amb models de centres actius, després planteja treballar a nivell quàntic amb sistemes més grans, fa un repàs dels diferents mètodes QM/MM, una mica de base teòrica, com funcionen. Després se centra molt en els estudis EVB (Empirical Valence Bond), un dels seus mètodes estrella.

És un review amb les fórmules justes, ni moltes ni poques, no entra en profunditat en cap mètode però la informació que hi dóna és suficient. A mi m’ha agradat per que ofereix una visió de conjunt, no m’ha aborrit la teoria però tampoc l’he trobat fluix. En fi, crec que és una bona introducció (com a mínim pels que no som químics) a com podem estudiar un enzim. Cal dir que estic content ja que considera que els estudis quàntics amb petits models (el que faig jo) són vàlids només en el cas de les metal·lopreteïnes (amb les que treballo jo) i ho justifica dient que davant la presència d’un metall, l’efecte de la resta de la proteïna és molt més limitat.

1- Warshel A., Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32:425-443

Una de les coses més delicades dels trasplantaments d’òrgans és el possible rebuig per part del receptor.El sistema immunitari de l’organisme que rep un òrgan d’una altra persona el reconeix com a un cos aliè i estrany i es proposa destruir-lo. Per evitar això, primer es procura que donant i receptor siguin “propers” i, segon, la medicació posterior al trasplantament inclou immunosupressors. Els immunosupressors tenen la finalitat de disminuir l’activitat del sistema immunitari del receptor de manera que aquest no ataqui l’òrgan trasplantat. L’inconvenient? afeblir el sistema immunitari implica augmentar el risc de patir infeccions.

La revista New England Journal of Medicine publica¹ aquesta setmana una possible solució: acompanyar el trasplantament d’una “injecció” de cèl·lules mare sanguínies del donant. Aquestes cèl·lules mare, al madurar, donaran lloc a cèl·lules B (que creen anticossos) i cèl·lules T, ambdós tipus són cèl·lules del sistema immunitari. Què fa això? crea un mena d’híbrid entre el sistema immunitari del receptor i el donant (qui aporta l’òrgan i les cèl·lules mare sanguínies), disminuint “l’atac” del receptor contra el nou òrgan.

De moment s’ha provat amb pocs pacients i encara és difícil extrapolar-ho a tothom però, en la majoria dels casos, els receptors d’òrgans als que se’ls ha aplicat aquesta tècnica han pogut abandonar el tractament immunosupressor.

1- Kawai, T. et al. N. Engl. J. Med. 358, 353–361 (2008).

L’Acadèmia Nacional de Ciències dels Estats Units ha publicat el llibre Science, Evolution, and Creationism, amb la idea de potenciar i justificar amb arguments científics l’evolució en front el creacionisme.  L’Acadèmia Nacional de Ciències i  l’Institut de Medicina han aplegat diversos científics per a que mostrin diferents arguments a favor de l’evolució biològica i analitzin les opcions que ofereixen els diferents moviments creacionistes.

How did life evolve on Earth? The answer to this question can help us understand our past and prepare for our future. Although evolution provides credible and reliable answers, polls show that many people turn away from science, seeking other explanations with which they are more comfortable.

Cal dir que als Estats Units el moviment creacionista, oposat a les bases de l’evolució de Darwin,  té un ampli seguiment i massa social. Algunes escoles d’alguns estats, fins i tot, neguen l’evolució explicant a la mainada diferents teories creacionistes. A Europa, tot i que no hi ha tants creacionistes, en podeu veure alguns per la carretera, no és conya, només cal que busqueu cotxes que duguin un adhesiu amb la silueta d’un peix.

El llibre es pot llegir de franc per internet i es pot comprar des d’aquí per poc més d’onze dòl·lars. No l’he llegit però he vist noticies publicitant-lo en diferents mitjans científics que no el deixen gens malament.

El títol és molt enrabassat. A mode de resum puc dir que parla de la síntesi enantioselectiva d’unes molècules, que tenen un determinat nombre d’anells, anomenades helicens. L’article té una gran part experimental i una petita part teòrica que aporta una mica de llum a la part experimental. Sortirà publicat en el número del 7 de gener de la revista Chemistry - A European journal.

Per què en parlo? doncs per què, encara que hi hagi molts autors i el tema no tingui res a veure amb la meva tesi, és el primer article on apareix el meu nom. L’article és una col·laboració amb un grup d’orgànics (sense cap menyspreu, quan dic orgànics, em refereixo a gent experimental que treballa en química orgànica) de Madrid, la cap dels quals, es va trobar un dels meus directors de tesi en un congrés ara fa més de quatre anys, la conseqüència de la trobada van ser uns càlculs que han acabat formant part de l’article.

Del resum:

The synthesis of enantiopure C-12 methoxy- or alkyl-substituted 5,7,8,12b-tetrahydro[4]helicene quinones 16 and 17 and the 7,8-dihydroaromatic analogues 4 and 5 has been achieved from (SS)-2-(p-tolylsulfinyl)-1,4-benzoquinone. In the first series, with a structure containing both central and helical chiralities, the R absolute configuration of the stereogenic carbon atom was defined after the asymmetric cycloaddition step, whereas the P or M helicity was shown to be dependent on the nature of the C-12 substituent. The size of this group was also defining the configurational stability of the final (P)-7,8-dihydro[4]helicene quinones 4 and 5. The interconversion barriers between the P and M helimers in the latter, computed with a DFT B3LYP method, matched well with the experimentally observed stability. Our study provided evidence that, in addition to steric effects, a small but significant role of electronic effects is governing the configurational stability of such helical quinones.

Escriure un article a una revista científica i fer-ho bé, no sempre és fàcil. Cal, primer de tot, tenir una feina de prou qualitat (insisteixo, per fer-ho bé -hi ha revistes i revistes…-), acurada i ben feta. Després escriure. I, finalment, enviar-ho a la revista en la que vulguis intentar publicar-ho.

Quan arriba a la revista, l’editor (en la majoria dels casos) fa un primer filtre. Si el passes, envia l’article als revisors, que faran els seus comentaris i opinaran sobre l’article. Un revisor pot demanar correccions menors, correccions més importants o, fins i tot, suggerir que l’article sigui refusat.

Ara fa unes setmanes vaig rebre un correu d’una revista de cert renom (en el camp) per fer de revisor d’un article. Vaig acceptar (per si no tenia prou feina…) i em van enviar l’article. Vaig llegir-lo i rellegir-lo i vaig enviar els meus suggeriments. L’article em semblava molt interessant però hi havia alguna cosa de la metodologia que, segons la meva opinió, calia refer i/o justificar per que es feia d’aquella manera. Tot i això, vaig suggerir que l’article fos acceptat si se solucionava el tema.

Avui m’han escrit dient que, veient l’opinió dels revisors, l’article ha estat refusat. M’ha sobtat (la meva revisió no era tant dràstica). Per sort, el correu contenia les revisions dels dos revisors (una altra persona i jo). La meva ja la coneixia, m’he mirat l’altre. He entès per que no ho han publicat.  Article interessant i tal però… patam! ha fulminat la metodologia i el per que de tot plegat. Sense dir directament que calia refusar-lo, suggereix que es refaci tot i després ho tornin a intentar.

Les poques vegades que he hagut de passar per un revisor ha estat per publicacions en les que només hi he col·laborat, i no m’ha afectat massa la revisió. Però veig que realment encara sóc dins de l’ou (i quina port sortir-ne!). No sé si el comentari de l’altre revisor ha estat realment per que el treball està molt mal fet (jo no ho he vist així -però l’altre revisor segur que en sap molt més, i ho dic sense ironia-) o, simplement, per que coneix els autors i són “enemics”. Els revisors som anònims però sabem qui ha escrit l’article que ens han enviat.

Bé, m’he de preparar per quan trenqui la closca…