Fa molt temps ja (anys!) que tinc el php com a llenguatge de referència per a fer les meves webs (i aplicacions web). És un llenguatge que corre al servidor i origina un HTML que entén el navegador. L’aventatge que té és que permet “programar”, fer quelcom més que un simple HTML. Connecta amb bases de dades, interacciona amb el sistema (podent executar, fins i tot, programes externs), pots “programar” petites aplicacions,… en fi, genial! i tot ben lliure!

Però darrerament li estic trobant una bona utilitat més enllà del navegador. Fa temps que existeixen projectes com BioPerl, BioJava, BioPhyton i… fins i tot, BioPhp (una mica apagat des de bon principi). Sempre que m’havia de programar quelcom per treballar amb resultats (extreure energies, coordenades dels àtoms, manipular resultats d’un Blast,… ) em feia els meus programets en Perl. M’anava bé. Però, com que ho feia de tant en tant, sempre  que m’hi posava havia de refrescar massa la memòria.

Ara fa uns dies que he provat de fer totes aquestes coses: fer ús del php com a llenguatge scripting i executar-lo des d’una shell. Primer va ser un script molt “tonto” per escriure uns fitxers d’entrada, però poc a poc m’he anat animant i puc dir que estic gratament sorprès dels resultats. Si bé no he dubtat mai de la potència d’aquest llenguatge en el món d’internet, mai l’havia posat a prova (realment) fora del servidor, l’experiència no m’ha decebut. Primer de tot, per que és un llenguatge que, més o  menys, domino. Segon, em permet fer tot allò que necessito: llegir i escriure fitxers, operar, manipular dades, interacutar amb funcions pròpies del sistema (fer greps i similars),…

No puc dir que m’inclogui dins la gent del BioPhp (dedicat a la bioinformàtica), però si a un ChemBioPhp o, éssent més general: ScientificPhp :-)

Els propers 25 i 26 de febrer el CESCA organitza un workshop d’ADF.

Amsterdam Density Functional (ADF) és un programari mecano-quàntic per a sistemes poliatòmics que implementa la teoria del funcional de la densitat (DFT) utilitzant funcions de base de tipus Slater. L’ADF es pot utilitzar en un gran ventall de camps de la ciència que inclouen l’espectroscòpia molecular, la química orgànica i inorgànica, la química farmacèutica i la ciència dels materials. En aquest seminari es presenta ADF, QUILD i ADF-GUI, així com les seves noves funcionalitats.

Aquí podeu trobar més informació i el programa complet de la sessió, que serà en anglès. La inscripció és gratuïta i cal fer-la abans del 31 de gener.

Debian-Med és una distribució debian enfocada a la pràctica mèdica i la recerca científica. Els programes que inclou, tots programari lliure, s’agrupen en diferents categories,  que van des de les més aviat de gestió fins a grups de programes clarament encarats a la recerca, passant per bases de dades de medicaments, documentació,…

A banda de ser una distribució com a tal, part d’aquests programes estan inclosos en la distribució “normal” de Debian, la pega està però, en que molts formen part de la testing i/o la unstable. Les diferents categories també inclouen programari relacionat però que (encara) no forma part dels repositoris Debian.

Pel que fa al programari més científic, destaco el que fa referència a la Biologia molecular ja que inclou una gran quantitat de programes encarats a la manipulació de seqüències, aliniaments, cerques en bases de dades,…