La malalties oblidades, bàsicament tropicals, no són rentables. Afecten a milions de persones però, tot i així, hi ha escassos i antics (sovint, amb molts efectes secundaris) tractaments. Això és bàsicament perquè aquestes malalties afecten a països, a població, amb pocs recursos i, per tant, un laboratori que desenvolupi i comercialitzi un medicament per a aquesta població, rarament obtindrà els escandalosos beneficis que obté produïnt un comprimit contra la caiguda del cabell.

Això fa que, aquestes malalties tinguin, com he dit, escassos tractaments, antics i amb greus efectes secundaris. Si bé és cert que hi ha grups de recerca, tot i que són minoria, que poden fer recerca bàsica amb aquestes malalties, aquests grups no tenen, ni de bon tros, els recursos necessaris per engegar tots els engranatges necessaris per a desenvolupar un nou medicament.

Avui, fent una mica de bibliografia he trobat un article a PLoS Neglected Tropical Diseases, de finals d’agost que parla dels avenços en el desenvolupament de fàrmacs per a aquestes malalties. La lectura, llarga però interessant, resumeix el que s’ha fet i s’està fent en el desenvolupament de fàrmacs per aquestes malalties.

Ahir vaig fer un curs “Intellectual propety: to patent or to publish”, dins el programa de formació del PRBB (PRBB Intervals). Els curs em va agradar molt. Admeto que personalment no sóc massa amic de les patents, entenc que les empreses vulguin rentabilitzar les seves inversions, però crec que aquesta no és la millor manera. Els curs però va estar molt bé, ens van informar de quins passos cal fer per patentar, legislació de patents i, sobretot, molt debat molt interessant.

Una curiositat va ser el títol d’aquest escrit: Killing patents. Una activitat que, pel que ens van explicar, es dediquen, sovint, a fer les grans empreses farmacèutiques en que, bàsicament, es dediquen a destruïr patents existents.

M’explico. Per començar, cal dir que la legislació europea no permet patentar res que s’hagi fet públic (ja sigui en articles científics, xerrades anunciades, tesis,…). Quan es registra una patent a Europa, l’ens de registre mira si allò és nou, si s’ha publicat abans. Però aquest ens gestor té els seus límits i capacitats.

Doncs bé, imagineu que una gran farmacèutica, per sintetizar un producte concret necessita fer ús d’una tècnica patentada per un petit laboratori. Primer de tot, la farmacèutica passa de la patent i tira endavant. Però, paral·lelament, engega el “departament de killing patents”, un equip d’advocats i investigadors que es dediquen a intentar “matar” aquella patent. Es dediquen a remoure cel i terra per demostar que aquella patent havia estat publicada abans que fos registrada. I, pel que ens van dir, sempre se’n surten, acaben trobant qualsevol cosa que els dóna la raó, es carreguen la patent i tenen via lliure.

És fort i trist però, abans de pagar per emprar una patent, prefereixen pagar per carregar-se-la. I això que basen el seu negoci en l’exclusivitat que els donen les patents i que els otorguen un monopoli que els permet fixar els preus que vulguin.

Crec que és hora d’explicar amb calma i una mica detalladament, amb llenguatge planer, a què em dedico, què faig al laboratori/despatx. Primer però, per posar-nos en situació, començaré parlant de la tesi i miraré d’explicar a què m’he dedicat durant els darrers cinc anys.

El mes d’octubre passat vaig acabar una tesi en química computacional. Què vol dir això? doncs que vaig fer una tesi on aplicava mètodes de la química computacional a resoldre problemes químics o bioquímics reals. Com ho feia? introduint una sèrie de molècules (un fitxer amb coordenades espaials “xyz” de la molècula a estudiar) a l’ordinador que, mitjançant uns determinats programes, obtenia l’estructura molecular de menys energia.

Bé, i què és això de l’estructura molecular de menys energia? una molècula, com tot, tendeix a estar en una forma que impliqui la menor energia possible. Com a exemple, penseu en la cera d’una espelma. Quan tenim l’espelma en forma d’espelma, la cera és sòlida però, si li administrem energia, l’excitem, passarà a una forma de més energia, líquida que, quan es refredi, tornarà a l’estat de menys energia, sòlid (tot i que haurà patit una transformació i tindrà una forma diferent a la inicial). Els programes que he emprat per fer els meus “càlculs” busquen quina estructura molecular té la mínima energia.

I què n’he fet d’aquestes estructures de mínima energia? Estudiar reaccions. Una reacció química és un procés de tres etapes. Es comença amb uns reactius per separat (l’espelma i el foc -sense que hagin entrat en contacte-) i s’acaba amb uns productes (l’espelma ja apagada amb una forma diferent a la inicial). Pel mig hi ha hagut un estat excitat anomenat estat de trancisió (l’espelma cremant). Amb l’ordinador es poden estudiar aquests tres estats d’una reacció i analitzar-la així, amb molt detall.

Els mètodes computacionals, sovint, ajuden a entendre el perquè una reacció té lloc en unes circumstàncies i no en unes altres, a analitzar les diferents vies per les que pot anar una reacció, perquè el producte d’una reacció és diferent a l’esperat,…

Durant la tesi, he aplicat aquests mètodes a entendre diferents sistemes de química orgànica i bioquímica. El protagonista ha estat un aminoàcid anomenat selenocistgeïna, aquest és un aminoàcid peculiar, poc freqüent i present en proteïnes que catal·litzen (controlen) reaccions on hi ha intercanvi d’electrons. Doncs bé, la selenocisteïna és molt similar a un altre aminoàcid anomenat cisteïna, però el primer té seleni on el segon hi té sofre. Aquest apartat de la tesi compara (analitzant totes les etapes d’una reacció catal·litzada per un enzim que conté selenocisteïna) quins avantatges té el seleni en front del sofre. Els resultats que tinc de moment mostren que el sistema amb seleni perd els electrons més fàcilment que no pas el sistema amb sofre.

A banda del tema anterior, col·laborant amb dos grups experimentals (dels que treballen amb tubs d’assaig i provetes), la tesi presenta l’estudi de tres reaccions orgàniques: la síntesi de 4-helicenoquinones, la síntesi de 5-helicenoquinones i l’ús de sals de guanidini com a catal·litzadors. En aquests tres projectes s’ha estudiat el perquè de determinats resultats experimentals, clarificant els processos intermitjos de la reacció i justificant el perquè d’algunes de les característiques dels productes.

En la propera entrega parlaré del que faig actualment a la feina.

Me’l van regalar ara fa uns dies, per la tesi i… un regal molt encertat! El llibre, escrit per un dels pares de l’estructura de l’ADN, en James Watson, explica, precisament, com van arribar a l’estructura de la doble hèlix.

La història comença amb l’arribada d’en Watson a Europa, com a post-doc, amb una beca del govern dels Estats Units. Va explicant els seus canvis de laboratori, reunions, recerca, gent,… fins arribar a la cursa final per a desxifrar l’estructura de l’ADN, explicant totes les teories i models previs a l’estructura definitiva.

A banda de ser una lectura divulgativa molt interessant (i ben escrita), és un llibre curiós de llegir perquè et mostra el Cambridge de principis dels cinquanta. Els laboratoris, la feina, com es feia recerca en aquella època i, entre d’altres coses, viu el descobriment de l’estructura hèlix alfa (de les proteïnes) per part de’n Linus Pauling. En la història que s’hi explica es parla de descobriments que ara se’ns ensenyen a l’institut i la facultat, de les relacions entre els científics de l’època, de les cartes que s’enviaven per discutir diferents temes de la seva recerca,…

És un llibre de lectura senzilla (tot i que admeto que cal un mínim -mooolt poquet!- coneixement per seguir-lo), interessant científicament però també molt curiós des del punt de vista històric.

L’Agaricus bisporus és el “xampinyó comú”, el que més es cultiva i més es menja. Mai se li han assignat propietats nutritives especials, res que el converteixi en un aliment funcional. En canvi, altres espècies de xampinyó comercialitzades sobretot al Japó, gaudeixen de gran històries com a aliments sans, que van bé pel sistema immune, contra el càncer,… naturalment, són molt més cars i apreciats que el pobre A. bisporus.

Sovint, les bones propietats d’un aliment es relacionen amb el seu poder antioxidant (capaç de neutralitzar els productes oxidants propis del nostre metabolisme), s’acostuma a dir que un aliment ric en substàncies antioxidants és bo. Sense ser la bicoca, és cert. Teoria en mà, si ajudem l’organisme a eliminar allò que l’envelleix i el fa malbé, ens pot durar més. Per això, en certa manera, podem dir que un aliment ric en antioxidants, serà “bo per la salut”. Cal agafar-ho amb pinces ja que hi ha molts factors que influeixen en el correcte funcionament de l’organisme a la vegada que no tot allò que mengem acaba absorbit i fent l’efecte desitjat.

Doncs bé, tornant al xampinyó. Resulta que el xampinyó que trobem al mercat, el blanc, relativament econòmic i, fins ara, sense cap propietat destacable com a aliment funcional, conté moltes més substàncies antioxidants que aquelles espècies japoneses, més cares i apreciades, que gaudeixen de l’etiqueta de beneficioses. La investigació l’han dut a terme científics de l’Institut National de la Recherche Agrinomique (estat francès) i està publicat a la revista Journal of the Science of food and agriculture.

Avui, com fem cada quinze dies, a la feina hem tingut seminari de grup i avui em tocava a mi xerrar. Com que sempre els parlo del mateix (el per què de la selenocisteïna), he decidit fer una síntesi de resultats i explicar-ne alguns de nous però, sobretot, fer una introducció biològica a què és i com s’inserta a la cadena peptídica la selenocisteïna i com funcionen les Format Deshidrogenases.

Així doncs, la primera part de la presentació és bàsicament una introducció als dos temes. Tot i que no els toco amb molta profunditat (ha estat un seminari per químics), crec que pot ser prou didàctica i explicativa. Sé que veure una presentació a “pèl” no és el mateix que veure-la amb la xerrada que l’acompanya però, tot i així, he decidit publicar-ne una part.

Tot i que sóc plenament partidari de compartir informació i no posar barreres, he eliminat la part que correspon als resultats ja que, fins que no ho tingui publicat prefereixo no difondre-ho. Si teniu algun dubte, voleu més informació o algun aclariment, no dubteu en fer-m’ho saber.

Aquí teniu part de la presentació (pdf en anglès).