Avui a la feina m’ha vingut a veure un tiet meu que és professor de la facultat de medicina de la UB, al Clínic. Havia de fer una gestió al PRBB i hem aprofitat per xerrar una estona. Ell treballa en malalties de cervell, com ara el Huntington, i, entre d’altres mètodes, treballa amb cèl·lules mare. Mentre xerràvem, m’ha comentat que ha fet, amb el servei d’audiovisuals de l’UB, un reportatge sobre la teràpia cel·lular.

És molt didàctic i entendor.

Imagina que tu saps com fabricar rodes i un amic teu com construïr carreteres. Els dos, per fer el vostre producte, necessiteu conèixer els requeriments del producte de l’altre però no voleu compartir aquest coneixement. Tu vols “protegir” el teu invent i no li vols explicar al teu amic quin tipus de carretera necessiten les teves rodes (no fos cas que ell decidís fer unes rodes iguals abans que tu!). Els dos estaríeu fent bones feines però incompatibles, per tant, inútils. Les teves rodes segurament no podrien emprar-se en les carreteres del teu amic.

Aquest exemple és, segurament, una xorrada, una ximpleria! Però el cert és que les rodes metàl·liques dels trens no poden circular per carreteres d’asfalt i les rodes dels cotxes no ho poden fer per les vies dels trens. Per sort, hi ha un coneixement que es comparteix i tot funciona bé.

Però en ciència això no passa. Sovint, un mateix té una idea, procurarà desenvolupar-la i publicar-la. Però, segurament, algú més estarà intentant fer quelcom similar. Aquesta persona, molt probablement, tindrà les mateixes preguntes que tinc jo, o solucions a algunes de les meves o, potser, preguntes per les que jo ja tinc respostes. Però en un món científic tancat, aquesta lògica de compartir el coneixement es converteix sovint (per no dir quasi sempre), en una cursa per la publicació. És una pena perquè, segurament, la solució al problema arribaria abans sense aquesta simple competència per la publicació.

Afortunadament però, en alguns camps tenim alguns estàndards, consens, bases de dades,… “ciència oberta”! coneixement estandarditzat que ens ajuda a anomenar algunes coses pel mateix nom i evita que, per exemple, cada científic posi el nom que vulgui a les seves molècules (tot i que encara hi ha qui es resisteix als estàndards i fa els seus propis noms i codes). Com a exemples tenim els Inchis, codis PDB, SwissProt,…

Crec, n’estic convençut, que els investigadors i investigadores fan un servei públic (com a mínim els de les institucions públiques) i, al meu entendre, fer un servei públic implica ser eficient. I per a aquesta eficiència cal centrar-se en els objectius com un avenç i no només en les publicacions.

És aquesta idea la que m’ha motivat a emprendre un projecte que fa temps que tinc al cap. De moment, metre treballo en la seva gestació, he creat un bloc per reflexionar-hi i, perquè no? crear una mica d’expectativa i “donar-me a conèixer. És en anglès (les usuàries i usuaris són prou limitats i vull arribar com a més gent millor) i de moment el podeu trobar a Chembiospace.info.

Ahir al vespre vaig anar a una xerrada sobre les llicències Creative Commons i em va fer pensar en un escrit que fa temps que tinc al tinter. El començo amb una pregunta-reflexió: imagineu que vosaltres produiu quelcom i necessiteu algun servei per fer públic això que produiu. Aquest servei s’ha de pagar. Què és més lògic, A)pagar per a que aquest servei faci públic això que feu? o, B) pagar per a poder llegir allò que aquest servei us ha publicat.

Anant a un nivell més elevat. Penseu en una universitat que produeix molts resultats científics que han de ser publicats. Què és millor, que la universitat pagui per a publicar o que pagui per a, després, poder accedir a llegir allò que ha publicat?

Els mètodes actuals de la majoria d’editores de revistes científiques funcionen publicant de manera gratuïta però cobrant per accedir als continguts. És a dir, jo, com a ciutadà, finanço un sistema de recerca públic però després he de pagar per accedir a allò que produeix aquest sistema de recerca. Els grups poden publicar de manera gratuïta a la majoria de revistes (després de passar per uns determinats “controls de qualitat”) però han de pagar per llegir el que han fet.

És més, sovint, els autors d’aquests articles científics no poden ni difondre els seus propis articles: tots els drets són de l’editora.

Hi ha però algunes alternatives que canvien la mentalitat. Un exemple, les revistes del grup PLoS (Public Library of Science). En elles, i en d’altres que funcionen amb la política de l’accés obert, els grups de recerca paguen per a publicar però, en canvi, tot el contingut és lliure, llicenciat sota una llicència Creative Commons, tothom pot accedir i difondre’n el contingut. És a dir, el servei de publicació es paga per a publicar i no per a llegir. A més a més, a diferència del que passa amb la majoria d’editores, els autors poden difondre tranquil·lament les seves creacions.

Aquestes revistes són encara una minoria (les de PLoS i alguna més) però, espero que poc a poc la filosofia de l’accés lliure es vagi extenent. La qualitat dels articles no es veu perjudicada, aquestes revistes segueixen tots els protocols de revisió d’articles de la resta d’editores i, en canvi, els avenços científics poden ser molt més grans al alliberar tot el coneixement de manera gratuïta i posar-lo a l’abast de tothom.

Video de l’entrevista que a finals de desembre van fer al científic Joan Massagué en el programa Àgora. Me n’havien parlat però fins avui no l’he vist.

Un any més arriba l’1 de desembre, el dia internacional de lluita contra la SIDA. Aquest matí he estat escoltant la ràdio una estona i ens han enriquit amb tot de dades interessants sobre la incidència de la malaltia a casa nostra. Han parlat del nombre de contagis (que sembla ser que és prou estable), dels tipus de relacions en les que hi ha més contagis,… però crec que no han parlat de les morts que provoca la malaltia. I, de fet, per què n’havien de parlar? aquí pràcticament es pot parlar de SIDA com a una malaltia crònica que mata només quan no hi ha tractament o quan hi ha alguna altra patologia seriosa que complica la salut del pacient.

M’alegro que s’hagi arribat a cronificar una malaltia tant seriosa, greu i important com a aquesta. Però m’entristeix que això només passi a aquí (al nord), a on la gent pot accedir a un tractament amb antiretrovirals sense cap mena de problema ni, pràcticament, cost (a Europa). La majoria de la població mundial però no pot pensar en aquesta malaltia com a quelcom crònic i banal. Per desgràcia, la malaltia causa estralls en aquells països on no es pot accedir al tractament amb tanta facilitat. En aquests països, aquesta patologia (crònica per a nosaltres) implica un fort cop econòmic, un pal a la roda en el seu desenvolupament, una gran llosa per les generacions que han de ser el futur.

I, el pitjor de tot és que, si aquí l’hem fet crònica, vol dir que hi ha un tractament, que hi ha una solució. Però és una solució discriminatòria. Una solució que no arriba a tot arreu i que merma i estronca el desenvolupament de moltes regions del planeta.

Em sembla molt bé que l’1 de desembre serveixi per recordar dades i pensar, ni que sigui per uns minuts, en la malaltia. Però crec que s’hauria de donar un tomb a la diada, un tomb reivindicatiu per a exigir que si hi ha una solcuió a un problema tant greu, aquesta arribi a tothom i a tot arreu.

Avui, tot escoltant la ràdio, he sentit una noticia relacionada amb la cimera pel canvi climàtic que es fa aquests dies a Barcelona que m’ha cridat l’atenció. La noticia feia referència als costos en salut que suposarà el canvi climàtic i es referia a l’augment de malalties concretes en zones no endèmiques (en zones on no són freqüents).

Fa temps que es parla dels canvis en les malalties degut als canvis climàtics, un exemple és la presència de malària en altiplans africans on abans no n’hi havia. Això és degut a que fins ara, el vector que transmetia la malària no podia viure en aquestes zones degut a les condicions ambientals (més fredes) però ara, amb un lleuger escalfament, ja s’hi pot desenvolupar sense problemes. Però això és a l’Àfrica i ens queda massa lluny. Tenim algun projecte que estudia les evolucions de malalties com la malària en funció del clima i la població, però ben poqueta cosa.

Però bé, si el clima canvia, les temperatures pugen i, si això li sumem el fet que cada vegada ens movem més i que visitem llocs remots i llunyans, fa que, malalties no endèmiques de zones “riques”, ens puguin portar algun problema. Només cal recordar els mals de cap del mosquit tigre (Aedes albopictus),i això que a casa nostra “només” ens molesta la picada!

Ara comencem a parlar dels costos en salut que ens pot comportar el canvi climàtic. Ara. Aquí, als “països enriquits” tenim sort de tenir maneres d’afrontar aquests costos. Però fa anys que hi ha gent que els pateix i no tenen més remei que conviure amb ells. “Oblidem” aquestes malalties, res, són coses de l’Àfrica i ens queda molt lluny! però quan ens afectin, segur que començarem a veure patents de nous medicaments (que la gent del sud tampoc podrà adquirir), i hi sabrem posar solucions. I doncs, per què no ens hi posem ja?

La Marató de TV3 d’enguany està dedicada a les malalties rares, malalties que, a l’afectar una minoria de la població, no reben l’atenció ni tenen els tractaments que tenen les malalties “rentables”.

Aquestes malalties afecten una proporció molt baixa de població i això fa que no siguin “rentables” per als laboratoris farmacèutis que, desenganyem-nos, són, per norma general, els encarregats de llançar nous fàrmacs i/o tractaments al mercat. I, per tant, aquestes empreses es mouen per les regles del mercat i, on no hi ha diners, no hi inverteixen. Aquestes malalties, tot sovint, no són prou rentables i, per tant, no disposen ni de la recerca ni dels tractaments que tenen d’altres malalties. Em sona (i ara ho dic de cap) que algunes administracions donen algun tipus d’ajuda a les indústries que desenvolupen tractaments per a aquestes malalties, però, en molts casos, la recerca bàsica està encara massa endarrerida.

Hi ha però grups de recerca, tot sovint bàsica, que es dediquen a estudiar aquestes patologies, també hi ha grups de metges que miren d’identificar diferents casos i fer-ne un seguiment. I felicito tota aquesta gent, treballar en “coses” minoritaries no sempre és fàcil. I, per això m’alegro que la Marató d’enguany estigui dedicada a aquestes patologies.

Hi ha però, un altre grup de malalties “no rentables” i, en aquest cas, no són ni molt menys rares ni minoritàries: les malalties oblidades. Malalties que afecten milions de persones arreu del món però que, per desgràcia, són persones que no poden accedir a cap tractament, que no tenen poder adquisitiu per adquirir un hipotètic tractament i que, per tant, no interessen a aquells que busquen el negoci en el disseny de fàrmacs.

Com he dit, m’alegro que la Marató d’enguany tracti les malalties rares però em faria il·lusió i m’agradaria veure, en un futur, una Marató dedicada a les malalties oblidades.

La malalties oblidades, bàsicament tropicals, no són rentables. Afecten a milions de persones però, tot i així, hi ha escassos i antics (sovint, amb molts efectes secundaris) tractaments. Això és bàsicament perquè aquestes malalties afecten a països, a població, amb pocs recursos i, per tant, un laboratori que desenvolupi i comercialitzi un medicament per a aquesta població, rarament obtindrà els escandalosos beneficis que obté produïnt un comprimit contra la caiguda del cabell.

Això fa que, aquestes malalties tinguin, com he dit, escassos tractaments, antics i amb greus efectes secundaris. Si bé és cert que hi ha grups de recerca, tot i que són minoria, que poden fer recerca bàsica amb aquestes malalties, aquests grups no tenen, ni de bon tros, els recursos necessaris per engegar tots els engranatges necessaris per a desenvolupar un nou medicament.

Avui, fent una mica de bibliografia he trobat un article a PLoS Neglected Tropical Diseases, de finals d’agost que parla dels avenços en el desenvolupament de fàrmacs per a aquestes malalties. La lectura, llarga però interessant, resumeix el que s’ha fet i s’està fent en el desenvolupament de fàrmacs per aquestes malalties.

Ahir vaig fer un curs “Intellectual propety: to patent or to publish”, dins el programa de formació del PRBB (PRBB Intervals). Els curs em va agradar molt. Admeto que personalment no sóc massa amic de les patents, entenc que les empreses vulguin rentabilitzar les seves inversions, però crec que aquesta no és la millor manera. Els curs però va estar molt bé, ens van informar de quins passos cal fer per patentar, legislació de patents i, sobretot, molt debat molt interessant.

Una curiositat va ser el títol d’aquest escrit: Killing patents. Una activitat que, pel que ens van explicar, es dediquen, sovint, a fer les grans empreses farmacèutiques en que, bàsicament, es dediquen a destruïr patents existents.

M’explico. Per començar, cal dir que la legislació europea no permet patentar res que s’hagi fet públic (ja sigui en articles científics, xerrades anunciades, tesis,…). Quan es registra una patent a Europa, l’ens de registre mira si allò és nou, si s’ha publicat abans. Però aquest ens gestor té els seus límits i capacitats.

Doncs bé, imagineu que una gran farmacèutica, per sintetizar un producte concret necessita fer ús d’una tècnica patentada per un petit laboratori. Primer de tot, la farmacèutica passa de la patent i tira endavant. Però, paral·lelament, engega el “departament de killing patents”, un equip d’advocats i investigadors que es dediquen a intentar “matar” aquella patent. Es dediquen a remoure cel i terra per demostar que aquella patent havia estat publicada abans que fos registrada. I, pel que ens van dir, sempre se’n surten, acaben trobant qualsevol cosa que els dóna la raó, es carreguen la patent i tenen via lliure.

És fort i trist però, abans de pagar per emprar una patent, prefereixen pagar per carregar-se-la. I això que basen el seu negoci en l’exclusivitat que els donen les patents i que els otorguen un monopoli que els permet fixar els preus que vulguin.

Crec que és hora d’explicar amb calma i una mica detalladament, amb llenguatge planer, a què em dedico, què faig al laboratori/despatx. Primer però, per posar-nos en situació, començaré parlant de la tesi i miraré d’explicar a què m’he dedicat durant els darrers cinc anys.

El mes d’octubre passat vaig acabar una tesi en química computacional. Què vol dir això? doncs que vaig fer una tesi on aplicava mètodes de la química computacional a resoldre problemes químics o bioquímics reals. Com ho feia? introduint una sèrie de molècules (un fitxer amb coordenades espaials “xyz” de la molècula a estudiar) a l’ordinador que, mitjançant uns determinats programes, obtenia l’estructura molecular de menys energia.

Bé, i què és això de l’estructura molecular de menys energia? una molècula, com tot, tendeix a estar en una forma que impliqui la menor energia possible. Com a exemple, penseu en la cera d’una espelma. Quan tenim l’espelma en forma d’espelma, la cera és sòlida però, si li administrem energia, l’excitem, passarà a una forma de més energia, líquida que, quan es refredi, tornarà a l’estat de menys energia, sòlid (tot i que haurà patit una transformació i tindrà una forma diferent a la inicial). Els programes que he emprat per fer els meus “càlculs” busquen quina estructura molecular té la mínima energia.

I què n’he fet d’aquestes estructures de mínima energia? Estudiar reaccions. Una reacció química és un procés de tres etapes. Es comença amb uns reactius per separat (l’espelma i el foc -sense que hagin entrat en contacte-) i s’acaba amb uns productes (l’espelma ja apagada amb una forma diferent a la inicial). Pel mig hi ha hagut un estat excitat anomenat estat de trancisió (l’espelma cremant). Amb l’ordinador es poden estudiar aquests tres estats d’una reacció i analitzar-la així, amb molt detall.

Els mètodes computacionals, sovint, ajuden a entendre el perquè una reacció té lloc en unes circumstàncies i no en unes altres, a analitzar les diferents vies per les que pot anar una reacció, perquè el producte d’una reacció és diferent a l’esperat,…

Durant la tesi, he aplicat aquests mètodes a entendre diferents sistemes de química orgànica i bioquímica. El protagonista ha estat un aminoàcid anomenat selenocistgeïna, aquest és un aminoàcid peculiar, poc freqüent i present en proteïnes que catal·litzen (controlen) reaccions on hi ha intercanvi d’electrons. Doncs bé, la selenocisteïna és molt similar a un altre aminoàcid anomenat cisteïna, però el primer té seleni on el segon hi té sofre. Aquest apartat de la tesi compara (analitzant totes les etapes d’una reacció catal·litzada per un enzim que conté selenocisteïna) quins avantatges té el seleni en front del sofre. Els resultats que tinc de moment mostren que el sistema amb seleni perd els electrons més fàcilment que no pas el sistema amb sofre.

A banda del tema anterior, col·laborant amb dos grups experimentals (dels que treballen amb tubs d’assaig i provetes), la tesi presenta l’estudi de tres reaccions orgàniques: la síntesi de 4-helicenoquinones, la síntesi de 5-helicenoquinones i l’ús de sals de guanidini com a catal·litzadors. En aquests tres projectes s’ha estudiat el perquè de determinats resultats experimentals, clarificant els processos intermitjos de la reacció i justificant el perquè d’algunes de les característiques dels productes.

En la propera entrega parlaré del que faig actualment a la feina.