Fa uns dies vaig llegir una noticia curiosa i sorprenent: Sticky tape generates X-rays. És a dir, generar raigs X a partir d’una simple cinta adhesiva!. L’experiment l’ha fet un grup de la Universitat de California, a los Angeles.

En “condicions normals”, a casa, al despatx, quan se separa un tros de cinta adhesiva, aquesta, sovint, està carregada d’electricitat estàtica i tendeix a enganxar-se als dis i les mans. Aquesta energia passa a nosaltres a través de les partícules de pols que hi ha a l’aire. Però, què passa si no hi ha partícules de pols que puguin conduir aquesta energia? en això ha consistit l’experiment: en una cambra de buit, s’ha muntat un rotllo de cinta adhesiva i s’ha anat desenrotllant… això… és una nova font de raigs X!

Hi ha un vídeo-reportatge (en anglès) que ho explica i fa una demostració de com fer una senzilla radiografia amb aquest sistema.

Espectacular vídeo que reprodueix el que passa dins d’una cèl·lula i el seu entorn. És una animació en 3D que ensenya com es sintetitza una proteïna, com es mouen diferents orgànuls, proteïnes, la reproducció de l’ADN,…

Les imatges del vídeo anterior s’acompanyen de música ambiental. Si voleu, també hi ha una versió explicada aquí.

L’Agaricus bisporus és el “xampinyó comú”, el que més es cultiva i més es menja. Mai se li han assignat propietats nutritives especials, res que el converteixi en un aliment funcional. En canvi, altres espècies de xampinyó comercialitzades sobretot al Japó, gaudeixen de gran històries com a aliments sans, que van bé pel sistema immune, contra el càncer,… naturalment, són molt més cars i apreciats que el pobre A. bisporus.

Sovint, les bones propietats d’un aliment es relacionen amb el seu poder antioxidant (capaç de neutralitzar els productes oxidants propis del nostre metabolisme), s’acostuma a dir que un aliment ric en substàncies antioxidants és bo. Sense ser la bicoca, és cert. Teoria en mà, si ajudem l’organisme a eliminar allò que l’envelleix i el fa malbé, ens pot durar més. Per això, en certa manera, podem dir que un aliment ric en antioxidants, serà “bo per la salut”. Cal agafar-ho amb pinces ja que hi ha molts factors que influeixen en el correcte funcionament de l’organisme a la vegada que no tot allò que mengem acaba absorbit i fent l’efecte desitjat.

Doncs bé, tornant al xampinyó. Resulta que el xampinyó que trobem al mercat, el blanc, relativament econòmic i, fins ara, sense cap propietat destacable com a aliment funcional, conté moltes més substàncies antioxidants que aquelles espècies japoneses, més cares i apreciades, que gaudeixen de l’etiqueta de beneficioses. La investigació l’han dut a terme científics de l’Institut National de la Recherche Agrinomique (estat francès) i està publicat a la revista Journal of the Science of food and agriculture.

El projecte MESSENGER (MErcury Surface, Space ENvironment, GEochemistry ang Ranging) acaba de fer públiques unes imatges fins al moment inèdites: la “cara oculta” del planeta Mercuri. Les imatges mostren una gran activitat volcànica a la superfície del planeta, cràters d’impacte parcialment plens de lava. Aquesta teoria ja l’apuntava la missió del Mariner 10, ara fa 33 anys. Les imatges capturades pel satèl·lit ara fa quinze dies aclareixen totes les teories fetes a partir de la darrera missió, del 1975.

After a journey of more than 2.2 billion miles and three and a half years, NASA’s MESSENGER spacecraft made its first flyby of Mercury just after 2 PM Eastern Standard Time on January 14, 2008. All seven scientific instruments worked flawlessly, producing a stream of surprises that is amazing and delighting the science team. The 1,213 images conclusively show that the planet is a lot less like the Moon than many previously thought, with features unique to this innermost world. The puzzling magnetosphere appears to be very different from what Mariner 10 discovered and first sampled almost 34 years ago.

Enllaç al comunicat de premsa complet: Surprises Stream back from Mercury’s MESSENGER

Aquest matí, a la feina, he tingut una conversa filològica. Treballo amb un enzim que en anglès de diu Formate dehydrogenase H. Aquest enzim té la tasca d’agafar el formate i oxidar-lo per obtenir així diòxid de carboni, un protó i un electró. Des que vaig començar la tesi, m’he referit a l’enzim com a “Format” deshidrogenasa H i al seu substrat (el formate) com a “format”.

Avui ho hem discutit. Format? Formiat? he fet una traducció de les meves de l’anglès al castellà, de formate a “formato”. Però resulta que el format i el formato venen a ser l’estructura d’alguna cosa (el format d’una presentació, el format d’un llibre,…). Però res a veure amb la química. Ho he acabat solucionant fent el que hauria d’haver fet fa mesos (o anys!), buscar-ho al diccionari i… l’anió de l’àcid fòrmic es diu formiat ( en anglès i formateformiato en castellà). Així doncs, també canvia el nom català de l’enzim i tenim que la Formate deshydrogenase és la Formiat deshidrogenasa.

En fi, a la feina estic acostumat a fer i assistir a presentacions en anglès, a escriure els resums, a llegir,… fins i tot admeto que a vegades, per explicar alguna cosa, agafo paraules angleses sense mania. Però s’ha de vigilar. Quan la nostra llengua ens dóna recursos, no la fem malbé, aprofitem-la! Així doncs, procuraré parlar, quan ho faci en català, del formiat i no del “format”.

Per cert, DNA, per referir-se a l’ADN, està acceptat.

Darrerament, a la recta final de la tesi, m’he dedicat a aprendre a fer dinàmiques moleculars[en]. És quelcom entretingut que té la seva gràcia. No és ni més difícil ni més senzill que la química teòrica de la quàntica pura i dura (que és al que m’he dedicat pràcticament durant aquests darrers quatre anys). Però potser sí que puc dir que és un xic més divertit. Et permet jugar molt més amb el sistema, treballar amb proteïnes senceres i, sense el detall que et proporciona la quàntica, jugar a fer reaccions, a escalfar la proteïna, a fer mutacions,… Concretament el que estic intentant fer és estudiar la reacció de la Format Deshidrogenasa H fent servir l’EVB (Emprirical Valence Bond), un mètode desenvolupat per en Warshel.

El pas previ a la dinàmica en sí, a la reacció, és la relaxació del sistema. Això consisteix, bàsicament i en grans trets, a agafar la proteïna, posar-la en aigua i anar augmentant gradualment la temperatura en periodes de temps determinats. Això em prepara la proteïna per a poder fer la “reacció” en unes condicions determinades, és a dir, si vull fer la “reacció” a 300 K (27ªC), primer he de preparar la proteïna, posar-la amb aigua i, començant des de 0, anar-li augmentant la temperatura fins als 300. Si comencés directament a 300 K,  l’estructura no s’aguantaria.

Quelcom “divertit” de les dinàmiques, són els vídeos que es poden fer. També es poden fer en quàntica, però tenen “menys coses”. Aquí hi ha una relaxació mooolt curteta, 0.5 fempto-segons. El víedo també és curtet, dotze segons. Més endavant, quan tingui ja una bona dinàmica, ja en faré un una mica més elaborat. Gaudiu-lo ràpid

Enllaç al vídeo

Prop de San Cristóbal de las Casas, a Chiapas, hi ha un poble anomenat San Juan Chamula. Aquest poble té una sèrie de característiques que el fan especial. Té les seves pròpies lleis, normes de convivència, policia, consell de savis,… en fi, una petita illa al mig del país. Però hi ha un altre fet, que pot semblar curiós, tota la població adulta és intolerant a la lactosa.

Els humans som l’únic animal que hem evolucionat de manera que quan som adults mantenim els enzims necessaris per a assimilar la lactosa. Això permet que, per exemple, mentre escric aquest article, pugui estar prenent un cafè amb llet. De tant en tant podem trobar persones adultes que són intolerants a la llet (a la lactosa de la llet), però és quelcom no massa freqüent.

Doncs bé, a San Juan Chamula, cap adult pot beure llet. És curiós trobar una tan alta densitat d’intolerants a la lactosa. Però ho entendreu si us dic que estem parlant d’una comunitat molt tancada. A San Juan no hi pot anar a viure ningú de fora. Si algú decideix casar-se amb un forani (o forania), la parella ha d’anar a viure fora de la comunitat.

Aquest tancament fa que la variació genètica dins la comunitat sigui reduïda. Que, un fet curiós com la intolerància a la lactosa afecti a tothom. Els avantpassats no podien beure llet, si no entren gens externs, aquest fenotip (característica expressada d’un gen), es manté i es propaga entre els descendents.

Es podria dir que el tancament de la població de San Juan Chamula és relatiu, que no és tant exigent com s’explica, que segur que hi viu gent de fora, però… els gens parlen per si sols. I, en aquest cas, ho fan en forma de no deixar que els adults beguin llet i demostrant que els gens chamulencs no s’han barrejat amb foranis.

L’estudi genètic d’un individu o població ens pot ajudar a estudiar la seva evolució, d’on ve, quins “creuaments” hi ha hagut,… fent un estudi genètic podem veure que la població de San Juan és realment tancada, que el mussol pirinenc és més proper al nòrdic del que ens pensàvem,… és més, hi ha una empresa que, a partir d’una mostra de saliva assegura dir-te d’on vens, això sí, previ pagament dels quasi mil dòl·lars que val el servei.

Estructura cristal·logràfica de l’H5N1, la variant més malèvola de la febre aviar.

Imatge del Protein Data Bank

Un grup d’expedicionaris americans i indonesis van estar, al mes de juny, a les muntanyes de Foja, a l’est de Papua. Allà, pel que sembla, van trobar-se amb una possible espècie de mamífer desconeguda: una rata gegant. La rata seria cinc vegades més gran que una rata vulgaris de ciutat.

Trobar i “catalogar” noves espècies de mamífers avui en dia és quelcom poc freqüent, i menys d’aquestes característiques. Però cal tenir en compte que la zona de les muntanyes de Foja és bàsicament un “bosc plujós” pràcticament inexplorat per l’home. Una altra expedició, l’any passat hi va descobrir moltes noves espècies de papallona.

Aquesta nit hi ha hagut una explosió a la feina. Quan he arribat he mirat com anaven els càlculs que vaig enviar (posar a la cua de càlcul) ahir la nit. N’hi havia un, una optimització senzilla, que hauria d’haver acabat. En mirar com estava he vist que havia acabat malament. M’he extranyat, com he dit, no havia de tneir cap problema. He obert un programa gràfic per veure l’evolució de l’optimització de la geometria i… fixeu-vos en l’anell de la part superior dreta (una imidazola):

Per algun motiu, part de la gometria se n’ha anat a pendre pel sac. D’aquesta manera no m’ahvia passat mai! Però bé, per sort, això ha passat dins la cpu d’un ordinador i no ha tingut més conseqüències que la pèrdua d’algunes hores de càlcul.

Pel que fa al video, ho sé, pèssima qualitat. He fet un povray de cada cicle d’optimització i els he juntat en un video. Tot plegat amb una resolució que deixa molt que desitjar… és el primer que faig, a veure si més endavant milloro.