Quan vaig sentir la noticia que la Generalitat retallaria el sou dels treballadors i treballadores públiques en un 5% de mitjana, vaig patir. Però l’ensurt va durar pot. Cobro d’un projecte europeu, la Unió Europea dóna una partida de diners a l’entitat pública que em té contractat per contractar personal (a banda d’altres partides per material, dietes i altres coses similars). El mateix vaig pensar per la resta de companys i companyes del grup. Tots estem igual, cobrant de projectes europeus. Il·lús, no n’aprendré mai.

Ara fa uns dies vaig rebre un correu electrònic, enviat a tot el personal de l’entitat, on se’ns deia que estaven pendents de rebre instruccions de la Generalitat per veure què fer amb els sous del seu personal. Hi ha gent que està contractada amb fons propis i del pressupost (administració i suports tècnics) però els investigadors i investigadors cobrem tots (o quasi tots) de projectes de grup o propis.

Ahir però, un company que està fent la tesi (per tant ja us podeu imaginar el miserable sou que deu tenir -crec que està contractat per fer 25 hores setmanals, una vergonya-), em va preguntar si m’havien tocat el sou. A mi no, a ell sí, ell està contractat com a PAS (bé, sense cap privilegi del PAS) per l’UPF.

A ell li han retallat un 5% el seu sou. Una persona que està fent la tesi, una feina del més inestable que hi ha, una persona amb llicenciatura i màster cobrant una merda per fer moltes, moltes més hores de les que li paguen. A ell, li han retallat el sou un 5%. Suposo que també ha passat amb la resta de companys que tenen contracte amb l’UPF (no hem tingut temps per discutir-ho, personalment aquests dies he anat de cul).

Ho trobo vergonyós i lamentable. Primer perquè, que es faci al personal funcionari, es pot entendre, aquesta gent tenen feina segura. Que es faci a personal fix no funcionari, encara també es pot entendre. Però, que es faci a gent que està fent una tesi o un postdoc? (aquest company està fent la tesi però estic segur que l’UPF també retalla als postdocs, també els contracta com a PAS sense drets). Són feines molt inestables (jo a 1 de gener ara mateix no tinc feina), molt mal pagades per la formació que es demana, a la que se’ls dediquen hores, moltes més de les que figuren al contracte. Una vergonya.

A banda que, em pregunto. On va aquest 5% dels projectes europeus? La Unió Europea ha donat una quantitat, en aquest cas a l’UPF, per contractar personal per un projecte concret. On va aquest 5% que l’UPF ara no paga?

Jo encara estic pendent que ens diguin què passa amb els treballadors i treballadores de l’IMIM, on tinc jo el contracte aquest any. Però, una possible retallada podria ser l’empenteta que falta.

La malària és una malaltia que mata més d’un milió i mig de persones l’any. És una malaltia oblidada, els tractaments són antics i, en mols casos, presenten resistències que els fan inútils. La provoquen els paràsits del gènere Plasmodium i es transmet a través de la picada d’un mosquit.

La malària no és però, una malaltia oblidada qualsevol. Tot i que als països desenvolupats només ens preocupa no caure malalts quan visitem països endèmics, aquesta malaltia gaudeix, relativament i si es pot dir així, de certa fama en els ambients filàntrops i és de les poques malalties oblidades que reben un bon finançament (sobretot provinent de la Fundació Bill i Melinda Gates) per fer-ne recerca. Molta gent coneix els assajos clínics que està fent el CRESIB d’una vacuna desenvolupada per Glaxo.

Ara fa uns mesos, Glaxo va anunciar que faria públics uns tretze mil compostos amb una possible activitat antimalàrica i així ho ha fet. El passat 20 de maig, la revista Nature publicava un article on s’anunciava que Glaxo publicava 13533 molècules amb una possible activitat contra el Plasmodium.

En els darrers dos anys, Glaxo ha analitzat el possible efecte anti-plasmodium dels quasi dos milions de molècules que té la seva llibreria. D’aquestes, 13533 han demostrat inhibir el bacteri. A més a més, 8000 d’aquestes molècules han mostrat activitat contra soques resistents als tractaments actuals i tansols un 15% han mostrat citotoxicitat en cèl·lules procedents d’hepatomes humans (serien molècules tòxiques).

Tot i que cap d’aquestes molècules es pot agafar i aplicar-la com a tractament directament (calen molts assajos previs), 13533 molècules són una bona base, punt de partida, per treballar.

L’anàlisi s’ha fet amb finançament de Malaria Venture, comunitat recolzada per la Fundació Bill i Melinda Gates.

A finals de mes es tanca un projecte europeu en el que he treballat des del setembre de 2008. Ara estem tancant alguns temes que encara teníem oberts, testejant algunes molècules i preparant els “reports” que cal entregar a la Comissió Europea a principis d’Agost.

És hora de fer balanç. Jo em vaig incorporar al projecte quan aquest ja estava iniciat (va començar al 2007) i, per tant, ja hi havia tot de vicis i maneres de fer adquirits. A més a més, és el primer projecte europeu del que participo, per tant, no puc comparar. Però sí que crec que tinc prou criteri com per saber si les coses s’han de fer així o no.

La idea dels projectes europeus em sembla molt bona. Un “parteneriat” s’uneix i presenta un mega-projecte a la Comissió Europea. El fet de ser un parteneriat fa que hi hagi diferents grups, tecnologies i recursos i que, a més a més, es pugui accedir a més finançament. Estic parlant de projectes de milions d’euros, dos, tres o fins i tot més! Poden ser també projectes de llarga durada.

En aquest projecte que ara s’acaba, per exemple, hi ha grups teòrics i grups experimentals. L’experiència és enriquidora. Fer prediccions amb l’ordinador i després que un grup experimental et pugui sintetitzar primer i després testejar les molècules és fantàstic. Però, per desgràcia, en molts projectes, aquestes sinèrgies i esperit positiu s’acaba traduïnt a només alguns dels grups (o fins i tot, tansols algunes persones) del parteneriat.

Tot sovint, aquests projectes acaben esdevenint una font de finançament per pagar gent (com més millor), omplir quatre fulls per justificar l’escassa feina feta i llestos. Vergonyós. I això no ho controla ningú. Ens queixem si ens controlen massa però en canvi, ens posen uns quants milers d’euros a les butxaques, paguem algun matxaca i ens oblidem del projecte.

Treballo en recerca. Entenc que no t’estàs el 100% del temps treballant per un projecte però, d’aquí a no fer res pel projecte, a tenir un projecte només per rebre diners, hi ha un bon tros. No dic que tots els projectes europeus siguin així, ni que tothom que hi treballi faci el mateix. Però passa. I el dia en que ens elimin aquests projectes, ens queixarem.

Fins ara, sempre que volia generar imatges per molècules, ho feia amb pybel. De fet, ho seguiré fent servir. És fàcil, senzill i lliure. Però a vegades hi ha algun problema amb la qualitat de les imatges generades, àtoms que se sobreposen, angles una mica dubtosos. En aquests casos, calen alternatives.

Com a alternativa i gràcies a un company del meu grup (gràcies Xavi!), he trobat una nova manera de fer-ho: amb MarvinBeans, de ChemAxon i fent un script amb python. El sistema no és lliure (MarvinBeans només és gratuït per a usos acadèmics), però és funcional.

Primer de tot cal anar al web de ChemAxon i entrar a Download > Marvin > For Java Developers. Una vegada aquí, accepteu la llicència i descarregueu el “Cross platform package without installer”. Aquí us demanarà un usuari i clau, cal que l’entreu o que us doneu d’alta. Descarregueu el fitxer, deseu-lo al vostre ordinador i descomprimiu-lo.

Ara la part de python. El codi és senzillet, simplement cal cridar-lo:

1

python sdf2img.py -i input.sdf

El codi el que fa és obrir el fitxer sdf i, molècula a molècula, generar les imatges. Per fer-ho, crea un sdf temporal per a cada molècula, genera la imatge i esborra el fitxer temporal. Abans de fer-ho anar però, cal canviar el PATH al .jar de MarvinBeans (a les primeres linies del codi python). Les imatges generades són png, canviant una mica el codi, podeu fer pdf i svg.

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38

"""
Script to generate images from an SDF using ChemAxon MarvinBeans
Alfons Nonell-Canals - June 2010
"""
 
import optparse
import os
from pybel import *
 
#Configure the path to MarvinBeans
MARVIN_PATH = "$HOME/soft/ChemAxon/marvinbeans/lib/MarvinBeans.jar"
 
#Read input options
p = optparse.OptionParser()
p.add_option('--sdf', '-i', help='SDF input file')
 
options, arguments = p.parse_args()
sdf = options.sdf
 
#Iterate the sd file
for molecule in readfile('sdf',sdf):
    #Write a temp file with the molecule
    outputfile = Outputfile("sdf", (molecule.title)+'.sdf')
    print molecule.title
    outputfile.write(molecule)
    format = 'png'
    file = molecule.title+'.sdf'
    outfile = molecule.title+'.png'
    #generate the image
    run = "java -classpath %s chemaxon.formats.MolConverter %s:a,w1000,h1000,#ffffff,wireframe %s -Y -2 -o %s"%(\
        MARVIN_PATH,\
        format,\
        file,\
        outfile)
    os.system(run)
    #remove tmp files
    run = 'rm '+file
    os.system(run)

Aquest dies he tingut converses interessants amb gent que m’és més o menys propera. Gent vinculada a la recerca acadèmica, pública, de casa nostra. La conclusió és que, si la generació anterior a la meva ho va tenir complicat, la meva encara ho tindrà més. Si la tisorada dels pressupostos d’enguany ens va esverar, doncs, preparem-nos pel que ve per l’any vinent i els següents.

Diuen que no afectaran l’estructura actual de manera directe, “simplement”, en minaran l’accés. Retallaran Ramon i Cajals, Juan de la Cierva,… i tantes altres convocatòries que permeten als joves doctors i doctores, accedir al sistema de recerca pública amb una certa estabilitat. El drama és, a més a més, que amb la reducció de places Ramon i Cajal s’estalvien un problema futur, l’absorció per part de les universitats que, vist com està el panorama, seran incapaces de poder absorbir els i les investigadores Ramon i Cajal d’enguany.

Fer ciència a casa nostra és un esport de risc. Contractes precaris que es van repassant cada any, gent amb quasi quaranta anys i fills pendents de si l’any següent podran fer recerca, inestabilitat, inseguretat i una pèrdua elevadíssima de temps pensant i buscant el futur, omplint projectes i convocatòries. Un esport de risc però, ara, la corda amb la que saltem del pont està força malmesa.

Per molt que la ministra s’hi esforci, la ciència a l’Estat Espanyol no és una prioritat. Hem mirat de salvar pujades d’atur fent inútils plans “Ñ”, ajudant la indústria del cotxe,… en fi, apedaçant el sistema. I ara ja no queda un duro. Tornaran a retallar allò que caldria potenciar si realment volem canviar el país.

Aquest és un escrit pessimista. Sí. Però com no canviïn les coses, malament ho tenim. La societat no pot generar tanta frustració en el jovent que és el seu futur. L’espanyola, sí.

Com funciona una dinàmica molecular?

The Chemical Touch from ignasi on Vimeo.

Sovint, mentre manipulem fitxers sdf ens trobem que volem canviar el títol de la molècula. Moltes vegades, com a títol hi volem posar algun camp de les dades addicionals de la molècula en qüestió. M’he fet un petit script per fer aquesta tasca de manera automàtica i senzilla.

El programet llegeix l’sdf i, molècula a molècula, en llegeix el camp que volguem, l’assigna com a títol i desa la molècula en un nou fitxer. A més a més, agafa el títol original i el desa en un camp “old_title”.

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29

"""
Script to move a field to an id in a sdf
Alfons Nonell-Canals - April 2010
"""
 
import optparse
import sys
from pybel import *
 
p = optparse.OptionParser()
p.add_option('--sdf', '-i', help='SDF file to modify')
p.add_option('--field', '-f', help='Field to you want to set as molecule title')
options, arguments = p.parse_args()
 
if not options.sdf  or not options.field:
        p.error('An input sdf file and a field are required')
 
molfile = options.sdf
field = options.field
 
outFile = molfile.replace('.sdf','')+'.Mod.sdf'
out = Outputfile('sdf',outFile)
 
for mol in readfile("sdf", molfile):
        oldTitle = mol.title
        mol.data['old_title'] = oldTitle
        newtitle = mol.data[field]
        mol.OBMol.SetTitle(newtitle)
        out.write(mol)

Fa temps que tinc una idea al cap, una idea que ja té un domini .com, que barreja xarxes socials amb química i biologia (i algunes coses més que de moment no diré). Hi ha qui m’ha animat a engegar-la i transformar-la en negoci.

Avui he llegit un article a Nature Jobs que diu que hi ha vida més enllà del món acadèmic. Paral·lelament a Expansión he llegit un altre article que parla de capital risc i empreses 2.0 (sembla que ara és el moment).

Fa unes setmanes, en un curs que vaig fer al PRBB ens animaven a engegar idees. Ens van explicar que comporta un risc però també ens van fer veure que el món científico-publico-acadèmic també té el seu risc (quasi cap dels presents al curs tenim contracte més allà del 31 de desembre vinent).

És hora de llençar-se a la piscina? per si de cas, jo la vaig omplint d’aigua i, a estones lliures, treballant en una primera versió de la “idea”.

Avui a la feina m’ha vingut a veure un tiet meu que és professor de la facultat de medicina de la UB, al Clínic. Havia de fer una gestió al PRBB i hem aprofitat per xerrar una estona. Ell treballa en malalties de cervell, com ara el Huntington, i, entre d’altres mètodes, treballa amb cèl·lules mare. Mentre xerràvem, m’ha comentat que ha fet, amb el servei d’audiovisuals de l’UB, un reportatge sobre la teràpia cel·lular.

És molt didàctic i entendor.

Fa uns anys, quan vaig començar la tesi a la unitat de química física de l’UAB, em va encuriosir el dibuix que en presidia el web: