Script per calcular els descriptors de lipinski

15. October 2009, 21:07 UhrCiència, Computació, Programari, Python, Quimioinformàtica, Química

Els “descriptors de Lipinski”, de la norma del cinc, inclouen del pes molecular, el coeficient octanol/aigua (cLogP), els punts donadors d’enllaç d’hidrogen (HBD) i els punts acceptors d’enllaç d’hidrogen (HBA).

Aquests dies he hagut de treballar amb diferents molècules d’una base de dades gegant i em calia calcular diferents descriptors. Per als de Lipinski, he fet aquest petit script (en python). Requereix pybel i es basa en un que hi ha publicat a l’article que presentapybel.

?View Code PYTHON
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36

"""
Script to compute the Lipibski descriptors
Alfons Nonell-Canals - October 2009
Chemogenomics Lab
 
USAGE:
python Lipinski.py -i sdfFile
 
"""
 
import optparse
from pybel import *
from openbabel import * 
 
p = optparse.OptionParser()
p.add_option('--infile','-i',default='default')
options, arguments = p.parse_args()
#files
infile = options.infile
 
#function to compute the Lipinski descriptors
HBD = Smarts("[#7,#8;!H0]")
HBA = Smarts("[#7,#8]")
 
def lipinski(mol):
   desc = []
   desc.append(mol.molwt)
   desc.append(mol.calcdesc(['LogP']) ['LogP'])
   desc.append(len(HBA.findall(mol)))
   desc.append(len(HBD.findall(mol)))
   return desc
 
for mol in readfile("sdf",infile):
    molName = mol.title
    desc = lipinski(mol)
    print molName,desc

No comments yet.

Write a comment: