M’ha arribat per diferents bandes però encara no sé si és oficial, així que parlaré de “C”. I he de dir que “C” tanca la paradeta. “C”, una xarxa de recerca a nivell estatal plega, li han retirat el finançament i no pot continuar.

Conseqüències? es destruiran uns 25 llocs de treball directes, els de la gent que treballen al nucli de la xarxa i, alguns més d’indirectes, gent que treballa a d’altres centres de recerca i universitats els sous de les quals es financen amb un acord amb “C”.

Estem parlant de gent qualificada, molta amb un doctorat a l’esquena. Però en fi, les ministres diuen que la retallada no afectarà la gent, no pas. Suposo que és més senzill ensenyar a quatre científics com posar maons i arreglar les boreres que no pas fer una reconversió a fons del model econòmic.

Avui s’ha obert al públic la ChemPedia, un repositori obert, públic i gratuït de molècules. Quan algú hi afegeix una nova molècula, aquesta passa una revisió i se li assigna un codi únic. Posteriorment, els usuaris del portal li poden assignar noms.

L’eina crec que està molt bé i pot ser molt útil per a gestionar els sinònims (el paracetamol, per exemple, es coneix amb els noms de paracetamol i acetaminophen). Els usuaris, a banda d’assignar noms, poden votar pels noms ja assignats. Amb tot, els usuaris van obtenint una puntuació (en funció de si s’assignen noms a molècules seves, si assignen noms a d’altres molècules. Com més puntuació té l’usuari, més confiança se li dóna.

Com a punt fort hi destacaria el tema dels sinònims i la facilitat de ser-ne usuari (funciona amb openID, usuari Google, Yahoo!, Wordpres,…). Com a punts negatius però, el fet de crear una enèssima classificació (que els gestors del portal li assignen un rang d’única) i no fer ús d’eines existents i universals com els Inchis. Per altra banda, per afegir una nova molècula cal dibuixar-la en un “applet”, no permetent afegir ni smiles ni “pujar” sdf (cosa que simplificaria enormement la tasca).

La idea és bona però crec que caldrà veure com evoluciona.

La malalties oblidades, bàsicament tropicals, no són rentables. Afecten a milions de persones però, tot i així, hi ha escassos i antics (sovint, amb molts efectes secundaris) tractaments. Això és bàsicament perquè aquestes malalties afecten a països, a població, amb pocs recursos i, per tant, un laboratori que desenvolupi i comercialitzi un medicament per a aquesta població, rarament obtindrà els escandalosos beneficis que obté produïnt un comprimit contra la caiguda del cabell.

Això fa que, aquestes malalties tinguin, com he dit, escassos tractaments, antics i amb greus efectes secundaris. Si bé és cert que hi ha grups de recerca, tot i que són minoria, que poden fer recerca bàsica amb aquestes malalties, aquests grups no tenen, ni de bon tros, els recursos necessaris per engegar tots els engranatges necessaris per a desenvolupar un nou medicament.

Avui, fent una mica de bibliografia he trobat un article a PLoS Neglected Tropical Diseases, de finals d’agost que parla dels avenços en el desenvolupament de fàrmacs per a aquestes malalties. La lectura, llarga però interessant, resumeix el que s’ha fet i s’està fent en el desenvolupament de fàrmacs per aquestes malalties.

Seguim amb el tema pressupostos de l’Estat. I seguim també amb el tema personal. Com deia dies enrere, tot i que les ministres involucrades en el cas insisteixin en que la retallada no afectarà als llocs de treball, jo no hi estic d’acord. Suposo que no veuen que el fet de disminuïr les contractacions de personal de recerca sí que és “afectar la gent”. Suposo que només entenen com a “afectar la gent” que la retallada impliqui haver de fer fora personal.

Primer, la retallada segur que implicarà una disminució de personal en centres de recerca i universitats. El personal és el més costós en recerca. El personal no és una màquina que compres, hi inverteixes uns milers d’euros i allà la tens. I, per tant, si hi ha menys diners, hi ha menys personal.

Avui he llegit un escrit al bloc de l’Enric Canela que ens remet a un article de El País. En ell s’hi desgloça com afectarà la retallada al personal i, la conclusió: si vols matar l’arbre, si us plau, talla-li les arrels.

Per què? doncs per que tot allò que implica formació de personal científic patirà les fonestes conseqüències de la disminució de fons. Es disminuirà el nombre de beques FPU (formació de professorat universitari -les beques “predoc”-), el nombre de beques FPI (formació de personal investigador -beques “predoc” vinculades a projectes del Plan Nacional-), el nombre de beques post-doc i, el colofó, es reduiran de manera dràstica els fons del programa Ciber (de l’Instituto de Salud Carlos III) que són bàsicament de personal. Només aquest darrer capítol suposa una eliminació o no creació d’entre 400 i 500 contractes.

Cal destacar que del Carlos III en surten les “joves” Sara Borrell, programes de post-doc de quatre anys. Una aposta per la creació d’una carrera investigadora paral·lela a la funcionarial.

En fi, no, no ministres, no afectarem el personal. Farem quelcom pitjor! ens carregarem l’arbre de la ciència, però no l’esporgarem, li tallarem les arrels per matar-lo des de la base.

Dies enrere parlava amb la persona responsable d’un servei de recerca i em deia que té els dits creuats de manera permanent, que pateix pel servei i les persones que hi treballen.

L’any vinent hi haurà retallada. Diguin el que diguin les ministres, amb menys diners hi haurà menys gent, agradi o no, és el que hi ha. I, suposo que el primer que tocaran seran aquells serveis que es consideren prescindibles. Serveis com ara els “serveis de recerca”, pel meu entendre i la meva curta experiència, serveis gens prescindibles.

La gent que fa ciència en aquest país ha de dedicar part del seu temps a la burocràcia, a justificar projectes, estar al cas de nous projectes, sol·licitar-ne,… amb el temps, l’aparició d’aquests serveis de recerca han alleugerit aquests tipus de tasques permetent-nos dedicar més temps a allò pel que treballem. És a dir, si he de presentar una sol·licitut per un projecte, naturalment, hauré d’escriure el projecte, però sé que no tindré cap problema per entregar-lo i fer-ne un seguiment ja que el “servei de recerca” s’encarregarà d’entregar-lo a l’administració pertinent, avisar-me si falta quelcom, de la seva resolució,…

Altres serveis “prescindibles” i que podrien rebre són els de comunicació, els que divulguen la ciència que fem. Per què els volem? doncs perquè si volem que la societat aposti per nosaltres, hem de mantenir aquesta societat informada del que fem. No pots demanar a la gent que inverteixi a cegues els seus diners.

Suposo que, serveis de recerca, comunicació,… són luxes als que ens hem anat acostumant durant els darrers anys (de fet, des que vaig començar la tesi crec que ja he conviscut amb ells). “Luxes” que suposen un pas, una evolució, en la ciència que es fa a casa nostra (quan he anat a treballar a l’estranger he al·lucinat amb la poca carrega burocràtica que hi tenen els investigadors).

Però, malauradament, suposo que es consideren això, luxes, coses prescindibles en temps de vaques magres. Encara no està clar el nivell de la retallada, ara es fan uns pressupostos, però, a la que vagin sortint convocatòries ja veurem com evoluciona. Esperem que no es confirmin ni els temors que té la gent d’aquests serveis ni els dels investigadors que depenem directament de projectes.

Ahir vaig fer un curs “Intellectual propety: to patent or to publish”, dins el programa de formació del PRBB (PRBB Intervals). Els curs em va agradar molt. Admeto que personalment no sóc massa amic de les patents, entenc que les empreses vulguin rentabilitzar les seves inversions, però crec que aquesta no és la millor manera. Els curs però va estar molt bé, ens van informar de quins passos cal fer per patentar, legislació de patents i, sobretot, molt debat molt interessant.

Una curiositat va ser el títol d’aquest escrit: Killing patents. Una activitat que, pel que ens van explicar, es dediquen, sovint, a fer les grans empreses farmacèutiques en que, bàsicament, es dediquen a destruïr patents existents.

M’explico. Per començar, cal dir que la legislació europea no permet patentar res que s’hagi fet públic (ja sigui en articles científics, xerrades anunciades, tesis,…). Quan es registra una patent a Europa, l’ens de registre mira si allò és nou, si s’ha publicat abans. Però aquest ens gestor té els seus límits i capacitats.

Doncs bé, imagineu que una gran farmacèutica, per sintetizar un producte concret necessita fer ús d’una tècnica patentada per un petit laboratori. Primer de tot, la farmacèutica passa de la patent i tira endavant. Però, paral·lelament, engega el “departament de killing patents”, un equip d’advocats i investigadors que es dediquen a intentar “matar” aquella patent. Es dediquen a remoure cel i terra per demostar que aquella patent havia estat publicada abans que fos registrada. I, pel que ens van dir, sempre se’n surten, acaben trobant qualsevol cosa que els dóna la raó, es carreguen la patent i tenen via lliure.

És fort i trist però, abans de pagar per emprar una patent, prefereixen pagar per carregar-se-la. I això que basen el seu negoci en l’exclusivitat que els donen les patents i que els otorguen un monopoli que els permet fixar els preus que vulguin.

Les dues ministres involucrades en la retallada de la partida pressupostària en R+D+I per l’any vinent ens han dit constantment que la retallada no afectarà ni la gent ni els projectes que ja estan engegats. Prometen que hi haurà compensacions, diners del Plan E destinats a recerca, una disminució de la pressió fiscal a les empreses que facin R+D+I (tenia entès que l’any vinent eliminaven les bonificacions fiscals per a aquestes empreses -ho dic, això, de cap-).

Però, realment és així? potser le nombre de gent no disminuirà, o ho farà “poc”, però, no disminuirà el nombre d’incorporacions a la recerca? no disminuiran el nombre de places ofertes com a Sara Borrell, Juan de la Cierva, Torres Quevedo,…? ja ho veurem.

El que puc explicar ara és el cas que em van explicar dies enrere. Una persona A que treballa en un departament B. Aquest departament té una mena d’acord amb una xarxa, C, d’àmbit estatal. Amb aquest acord, C passa uns diners anuals a B. B, amb aquests diners té contractada a la persona A. A més a més, fa poc, B s’ha compromès amb A per allargar un any més el seu contracte.

Ara ha arribat la sorpresa. L’any vinent C no passarà més diners a B. No hi ha diners. Aleshores, què passa amb A? doncs, B, el departament, ha de fer mans i mànigues per moure diners d’altres projectes per a poder seguir pagant A. Això implicarà que no es contractin noves persones que havien de treballar en aquests projectes.

Però no, la disminució de diners per R+D no afectarà les persones.

pDynamo és una llibreria en python per a fer simulacions moleculars mitjançant mecànica quàntica, mecànica molecular i mètodes híbrids mecànica quàntica/mecànica molecular. Està basat en Dynamo, unes llibreries en Fortran 90 de les que per desgràcia, no en tinc massa bones referències. Tot i això i, encara que fa més o menys un any que no s’actualitza (desconec si el projecte segueix viu), caldrà fer-li una ullada

Els “descriptors de Lipinski”, de la norma del cinc, inclouen del pes molecular, el coeficient octanol/aigua (cLogP), els punts donadors d’enllaç d’hidrogen (HBD) i els punts acceptors d’enllaç d’hidrogen (HBA).

Aquests dies he hagut de treballar amb diferents molècules d’una base de dades gegant i em calia calcular diferents descriptors. Per als de Lipinski, he fet aquest petit script (en python). Requereix pybel i es basa en un que hi ha publicat a l’article que presentapybel.

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36

"""
Script to compute the Lipibski descriptors
Alfons Nonell-Canals - October 2009
Chemogenomics Lab
 
USAGE:
python Lipinski.py -i sdfFile
 
"""
 
import optparse
from pybel import *
from openbabel import * 
 
p = optparse.OptionParser()
p.add_option('--infile','-i',default='default')
options, arguments = p.parse_args()
#files
infile = options.infile
 
#function to compute the Lipinski descriptors
HBD = Smarts("[#7,#8;!H0]")
HBA = Smarts("[#7,#8]")
 
def lipinski(mol):
   desc = []
   desc.append(mol.molwt)
   desc.append(mol.calcdesc(['LogP']) ['LogP'])
   desc.append(len(HBA.findall(mol)))
   desc.append(len(HBD.findall(mol)))
   return desc
 
for mol in readfile("sdf",infile):
    molName = mol.title
    desc = lipinski(mol)
    print molName,desc