Eina: obprop
Obprop és una aplicació inclosa al paquet Openbabel i que calcula alguns descriptors per una molècula donada. Cal passar-li la molècula en un fitxer sdf (hi pot haver diverses molècules dins el fitxer) i et retorna la seva fórmula, l’SMILE canònic, el pes molecular, el logP,…
Per fer-la servir simplement cal executar l’ordre:
obprop fitxer_amb_molècules.sdf
I, com a resultat, s’obté quelcom com ara:
name [Name]
formula [Formula]
mol_weight [Molecular Weight]
exact_mass [Isotopic Mass]
canonical_SMILES [String]
num_atoms [Number]
num_bonds [Number]
num_residues [Number]
sequence [Residue Sequence]
num_rings [Number of Rings (by SSSR)]
logP [Number (octanol-water partition)]
PSA [Number (topological polar surface area)]
MR [Number (molar refractivity)]
$$$
Eina útil, senzilla i ràpida per obtenir les quatre dades bàsiques d’una molècula.
Totes les funcions de l’openbabel són accessibles en python (pybel). Si les propietats que et dona obprop vols que siguin “buscables” (e.g. dóna’m les molècules que estiguin en un rang de pesos moleculars) llavors si que les has de posar a la db. Si és simplement per posar-les a la web com a info addicional, llavors pots carregar el mòdul de python a l’apache i fer que el servidor les calculi cada vegada que les necessitis… en fi, només un comentari.
Ep Xavier! gràcies per l’aportació! les propietats han de ser “buscables”, per tant, sí que ho he de desar en una base de dades. Però… com que els scripts me’ls faig amb python… saber que hi ha un mòdul openbabel per python m’estalviarà molta feina!
Gràcies!
Jo volia fer-ho, però a l’últim moment m’ha caigut la mol·lècula entre les tecles del teclat (exactament, entre h i j), i ara no la trobo.