Obprop és una aplicació inclosa al paquet Openbabel i que calcula alguns descriptors per una molècula donada. Cal passar-li la molècula en un fitxer sdf (hi pot haver diverses molècules dins el fitxer) i et retorna la seva fórmula, l’SMILE canònic, el pes molecular, el logP,…

Per fer-la servir simplement cal executar l’ordre:

obprop fitxer_amb_molècules.sdf

I, com a resultat, s’obté quelcom com ara:

name [Name]
formula [Formula]
mol_weight [Molecular Weight]
exact_mass [Isotopic Mass]
canonical_SMILES [String]
num_atoms [Number]
num_bonds [Number]
num_residues [Number]
sequence [Residue Sequence]
num_rings [Number of Rings (by SSSR)]
logP [Number (octanol-water partition)]
PSA [Number (topological polar surface area)]
MR [Number (molar refractivity)]
$$$

Eina útil, senzilla i ràpida per obtenir les quatre dades bàsiques d’una molècula.

Fa uns dies vaig llegir una noticia curiosa i sorprenent: Sticky tape generates X-rays. És a dir, generar raigs X a partir d’una simple cinta adhesiva!. L’experiment l’ha fet un grup de la Universitat de California, a los Angeles.

En “condicions normals”, a casa, al despatx, quan se separa un tros de cinta adhesiva, aquesta, sovint, està carregada d’electricitat estàtica i tendeix a enganxar-se als dis i les mans. Aquesta energia passa a nosaltres a través de les partícules de pols que hi ha a l’aire. Però, què passa si no hi ha partícules de pols que puguin conduir aquesta energia? en això ha consistit l’experiment: en una cambra de buit, s’ha muntat un rotllo de cinta adhesiva i s’ha anat desenrotllant… això… és una nova font de raigs X!

Hi ha un vídeo-reportatge (en anglès) que ho explica i fa una demostració de com fer una senzilla radiografia amb aquest sistema.

Quan comences una tesi sembla que aquest moment no arribarà mai, però arriba: dijous passat, vaig fer la defensa de la tesi i, ara, ja sóc doctor!

La jornada va ser tan intensa com emocionant. Els dies previs van ser durillus, molta feina polint i enllestint la presentació, assajos, canvis, figures,… però al final val la pena. Vaig començar la presentació una mica nerviós, ho reconec i, el làser vermell emprat per senyalar les coses a la pantalla, em delatava. Però, pocs minuts després, crec que vaig corregir i m’ho vaig passar molt bé presentant part de la feina que he fet durant els més de quatre anys i mig de tesi. El temps de la presentació, que vaig ajustar als tres quarts d’hora, em va passar volant!

El torn de preguntes del tribunal ja se’m va fer més llarg. Més que res, els nervis passats em van passar factura i era tard i estava ja una mica cansat. Les preguntes, a l’igual que la presentació, van ser en anglès però, alguns membres del tribunal van començar el seu torn amb algunes frases en català cosa que agraeixo, el que em deien s’havia de dir en català.

Després de les preguntes, descans per les deliberacions del tribunal i… suspir… ja s’ha acabat! En aquests moment ja volava, ja està!!! Minuts després vam tornar a entrar a la sala i em van dir la nota. Va ser emotiu i emocionant. He anat a moltes tesis d’amics i companys de feina, són actes solemnes, a mi m’agraden, i emotius i emocionants però… ser-ne tu el protagonista… no es pot explicar.

Després de l’acte més acadèmic, vam celebrar-ho amb un bon pica-pica al mateix centre. En aquest punt ha d’agraïr l’ajuda de la MªElena, la sogra, la família i el grup de teòrics de l’ICIQ… sense ells i elles, no hauria pogut fer una celebració com aquesta. Va ser una magnífica cirereta al final d’una jornada ben intensa. Gràcies!

En fi, avui dilluns, torno a ser a la feina. Ara ja no m’he de preocupar per enllestir i assajar una presentació i puc fer de post-doc com toca