Fa un parell de dies parlava d’una opció que tenim per “silenciar” part d’un residu en una dinàmica. El que comentava era que, ajustàvem la càrrega d’aquella part a zero i llestos. Per fer això, cada programa té les seves maneres.

La cosa està però en que allò que vaig dir no és ben bé cert i, si només ajustem la càrrega a zero, seguirem tenint tot de boles (àtoms) sense càrrega voltant per la proteïna. La dinàmica té en compte la càrrega i el diàmetre de cada àtom de manera que si només ajustem la càrrega a zero, seguim tenint les “boles” fent nosa.

Doncs, com fer-ho bé (ara espero que sí!)? Ajustant el radi de Van der Waals també a zero. La manera més senzilla per fer-ho és modificant el tipus atòmic dels àtoms que volem “silenciar”, fent-ne un a l’atzar, per exemple Oz, per silenciar un oxigen. Després, a la llibreria de tipus atòmic hi afegim aquest nou “tipus” assignant-li un radi de Van der Waals de zero. I llestos!

Dies enrere, en Pere, un company de feina, va anar a una reunió que la URV havia convocat pels seus becaris de tercer any amb beca de la Generalitat. Els van explicar tot de coses sobre la tesi, quan s’acaba, dipòsit,… però em vaig quedar amb una, i destacable. Les tesis dels doctorands que han gaudit d’una beca de la Generalitat han d’alliberar la tesi amb llicència Creative Commons. No em va saber explicar amb detall quina variant de la llicència estan obligats a emprar per la tesi però el fet en sí ja és un avenç.

Per què ho destaco? per que una recerca feta amb diners públics ha de ser lliure i a l’abast de tothom. No està bé que l’administració, amb diners públics, pagui per generar una informació i després hagi de tornar a pagar (o ho hagi de fer qualsevol ciutadà -allò ha estat una mica fruit dels seus diners-) per a poder accedir a aquesta informació. En les tesis et donen un marge de sis mesos, per si tens quelcom pendent de ser publicat, però, com a màxim sis mesos després d’haver llegit la tesi ha de ser Creative Commons.

Als Estats Units, algunes fundacions de recerca tenen, com a clàusula quan paguen quelcom, que tot allò fet amb aquells diners i que s’acabi publicant, haurà de ser lliure (no caldrà pagar cap revista) al cap de sis mesos.

És un gran avenç. Però encara cal més: patents. Diuen que les patents estimulen la creativitat, jo crec que potser estimulen la butxaca d’alguns que creen. No entraré en detall, ja en parlaré en algun escrit futur. Però el que ja no em sembla, de calaix, justificable és que es patenti quelcom que s’ha fet amb diners públics. Sé que em tiro pedres damunt la pròpia teulada, però no ho trobo bé. Cas pràctic. La Generalitat paga part de la recerca d’un grup d’una universitat, aquesta recerca acaba derivant en una molècula bioactiva amb una activitat farmacològica interessant. Actualment, es patentarà. Els titulars de la patent seran, la Generalitat, la Universitat i alguns dels que hi han participat. Si, l’administració tindrà part dels beneficis que això generi, però, si aquesta molecula s’arriba a comercialitzar, durant 20 anys estarà protegida per una patent (en el cas dels fàrmacs, no es podran fer genèrics durant 20 anys), aleshores, el preu que haurà de pagar la societat per a adquirir la molècula en qüestió, en forma de medicament, serà molt més gran al que seria si no estigués patentada.

No m’agraden les patents, però menys encara quan es patenta quelcom descobert amb els diners de tothom. Actualment s’està redactant el Pla Nacional de Recerca, espero que es tingui en compte això ja que, de moment, tant la Generalitat com el Govern espanol, considerent una patent com a mèrit professional.

Tota la ciència, com a mínim la pública, hauria de ser Creative Commons.

Fins fa una estona, tenia un problema: estic fent unes dinàmiques moleculars d’un enzim que catal·litza una reacció determinada, en aquest cas, l’oxidació de l’anió formiat a diòxid de carboni. La reacció transfereix un protó a l’enzim que, després s’ha de regenerar per recomençar el cicle. Fer la dinàmica d’aquesta reacció és relativament senzill, he afegit el substrat (formiat) al PDB de la proteïna i he fet la dinàmica. Perfecte, obtinc el CO₂ i l’enzim protonat. Fer les dinàmiques de la regeneració de l’enzim ja no és tant fàcil: vull eliminar producte (el diòxid de carboni) però part del residu introduït al PDB (l’anió formiat) no vull que desapareixi, ja que és el protó que he d’estudiar com deixa l’enzim.

Hi ha opcions complicades: eliminar part del formiat (el CO₂) del PDB, però això implica canviar la llibreria d’aminoàcids. També es pot modificar el PDB per situar el CO₂ llunt del centre actiu, però això fa que el programa no entengui que un residu tingui el seu hidrogen, per exemple, a 100 amstrongs. En fi, ho he provat i no és gens fàcil.

La solució? “silenciar” part del residu formiat. Les dinàmiques que estic fent són una mena de QM/MM i, de fet, en la regeneració de l’enzim ja tinc el diòxid de carboni fora de la part QM mentre el protó sí que hi és. En estar fora de la part QM, es podria dir que la importància de cada àtom rau en la seva càrrega (que s’obté de la llibreria de residus). Doncs, si poso a zero la càrrega del CO₂, problema resolt! es pot fer modificant la llibreria però, per fer-ho de manera senzilla jo ho faig als fitxers d’entrada del càlcul. Com?

1) dic al programa que el residu “formiat” té càrrega zero
2) assigno una càrrega concreta al protó.

En MOLARIS, el programa que estic emprant, es faria així. Abans de començar cada dinàmica cal posar el següent:

enzymix
pre_enz
setcrg0 720
setcrg 11192 0.013
quit
quit