El projecte MESSENGER (MErcury Surface, Space ENvironment, GEochemistry ang Ranging) acaba de fer públiques unes imatges fins al moment inèdites: la “cara oculta” del planeta Mercuri. Les imatges mostren una gran activitat volcànica a la superfície del planeta, cràters d’impacte parcialment plens de lava. Aquesta teoria ja l’apuntava la missió del Mariner 10, ara fa 33 anys. Les imatges capturades pel satèl·lit ara fa quinze dies aclareixen totes les teories fetes a partir de la darrera missió, del 1975.

After a journey of more than 2.2 billion miles and three and a half years, NASA’s MESSENGER spacecraft made its first flyby of Mercury just after 2 PM Eastern Standard Time on January 14, 2008. All seven scientific instruments worked flawlessly, producing a stream of surprises that is amazing and delighting the science team. The 1,213 images conclusively show that the planet is a lot less like the Moon than many previously thought, with features unique to this innermost world. The puzzling magnetosphere appears to be very different from what Mariner 10 discovered and first sampled almost 34 years ago.

Enllaç al comunicat de premsa complet: Surprises Stream back from Mercury’s MESSENGER

Aquest matí, a la feina, he tingut una conversa filològica. Treballo amb un enzim que en anglès de diu Formate dehydrogenase H. Aquest enzim té la tasca d’agafar el formate i oxidar-lo per obtenir així diòxid de carboni, un protó i un electró. Des que vaig començar la tesi, m’he referit a l’enzim com a “Format” deshidrogenasa H i al seu substrat (el formate) com a “format”.

Avui ho hem discutit. Format? Formiat? he fet una traducció de les meves de l’anglès al castellà, de formate a “formato”. Però resulta que el format i el formato venen a ser l’estructura d’alguna cosa (el format d’una presentació, el format d’un llibre,…). Però res a veure amb la química. Ho he acabat solucionant fent el que hauria d’haver fet fa mesos (o anys!), buscar-ho al diccionari i… l’anió de l’àcid fòrmic es diu formiat ( en anglès i formateformiato en castellà). Així doncs, també canvia el nom català de l’enzim i tenim que la Formate deshydrogenase és la Formiat deshidrogenasa.

En fi, a la feina estic acostumat a fer i assistir a presentacions en anglès, a escriure els resums, a llegir,… fins i tot admeto que a vegades, per explicar alguna cosa, agafo paraules angleses sense mania. Però s’ha de vigilar. Quan la nostra llengua ens dóna recursos, no la fem malbé, aprofitem-la! Així doncs, procuraré parlar, quan ho faci en català, del formiat i no del “format”.

Per cert, DNA, per referir-se a l’ADN, està acceptat.

Fa molt temps ja (anys!) que tinc el php com a llenguatge de referència per a fer les meves webs (i aplicacions web). És un llenguatge que corre al servidor i origina un HTML que entén el navegador. L’aventatge que té és que permet “programar”, fer quelcom més que un simple HTML. Connecta amb bases de dades, interacciona amb el sistema (podent executar, fins i tot, programes externs), pots “programar” petites aplicacions,… en fi, genial! i tot ben lliure!

Però darrerament li estic trobant una bona utilitat més enllà del navegador. Fa temps que existeixen projectes com BioPerl, BioJava, BioPhyton i… fins i tot, BioPhp (una mica apagat des de bon principi). Sempre que m’havia de programar quelcom per treballar amb resultats (extreure energies, coordenades dels àtoms, manipular resultats d’un Blast,… ) em feia els meus programets en Perl. M’anava bé. Però, com que ho feia de tant en tant, sempre  que m’hi posava havia de refrescar massa la memòria.

Ara fa uns dies que he provat de fer totes aquestes coses: fer ús del php com a llenguatge scripting i executar-lo des d’una shell. Primer va ser un script molt “tonto” per escriure uns fitxers d’entrada, però poc a poc m’he anat animant i puc dir que estic gratament sorprès dels resultats. Si bé no he dubtat mai de la potència d’aquest llenguatge en el món d’internet, mai l’havia posat a prova (realment) fora del servidor, l’experiència no m’ha decebut. Primer de tot, per que és un llenguatge que, més o  menys, domino. Segon, em permet fer tot allò que necessito: llegir i escriure fitxers, operar, manipular dades, interacutar amb funcions pròpies del sistema (fer greps i similars),…

No puc dir que m’inclogui dins la gent del BioPhp (dedicat a la bioinformàtica), però si a un ChemBioPhp o, éssent més general: ScientificPhp

Segons publica avui  la versió a la xarxa de la revista Science (notícia), un equip de científics liderats pel Prof. J. Craig Venter, han aconseguit sintetitzar de novo el genoma complet del Mycoplasma genitalium (un bacteri que viu al tracte urogenital humà.

Diversos experiments anteriors enfocats a “crear” un genoma des de zero, fins al moment havien fracassat degut a la dificultat que té treballar i sintetitzar grans cadenes de DNA. Aquesta vegada l’estratègia ha estat diferent: s’ha treballat amb l’organisme viu que es coneix que té el genoma més petit (580 Kb -580000 parells de bases-), s’han sintetitzat de nou estructures d’uns 6000 parells de base, que s’han anat unint fins a obtenir peces de 145 Kb -una quarta part del genoma- i s’han introduït en un llevat, que s’ha encarregat d’unir les peces i obtenir així el genoma complet del bacteri.

Però això no és tot. En aquestes peces de DNA s’hi han afegit uns marcadors que permeten assegurar que la síntesi que ha fet el llevat, prové del DNA que els investigadors l’hi han inserit. Així doncs, el genoma obtingut, és idèntic al de M.genitalium però, a més a més, conté “coses” introduïdes pels investigadors. Per seguretat, al nou genoma se li ha fet una altra petita modificació: se li han activat aquells gens que indueixen a produir patologies.

Aquests resultats obren les portes a fer, en certa manera, “organismes de laboratori”, és a dir, a crear microorganismes que facin allò que volem. Fins ara, això era relativament possible: la “senzillesa” (no us ho prengueu de manera literal) de funcionament d’un bacteri fa que sigui relativament senzill introduir-li una peça de DNA enfocada a produir quelcom concret. Aquesta nova descoberta però, fa que, no calgui “modificar” un bacteri per que produeixi allò que volem sinó que pot arribar a permetre “crear” un bacteri enfocat a fer quelcom determinat (des de purificar aigua, fins a fer de catalitzador en una refineria, passant per sistemes de fixació de CO₂ i de producció de proteïnes concretes).

(Vilaweb també en parla )

Una de les coses més delicades dels trasplantaments d’òrgans és el possible rebuig per part del receptor.El sistema immunitari de l’organisme que rep un òrgan d’una altra persona el reconeix com a un cos aliè i estrany i es proposa destruir-lo. Per evitar això, primer es procura que donant i receptor siguin “propers” i, segon, la medicació posterior al trasplantament inclou immunosupressors. Els immunosupressors tenen la finalitat de disminuir l’activitat del sistema immunitari del receptor de manera que aquest no ataqui l’òrgan trasplantat. L’inconvenient? afeblir el sistema immunitari implica augmentar el risc de patir infeccions.

La revista New England Journal of Medicine publica¹ aquesta setmana una possible solució: acompanyar el trasplantament d’una “injecció” de cèl·lules mare sanguínies del donant. Aquestes cèl·lules mare, al madurar, donaran lloc a cèl·lules B (que creen anticossos) i cèl·lules T, ambdós tipus són cèl·lules del sistema immunitari. Què fa això? crea un mena d’híbrid entre el sistema immunitari del receptor i el donant (qui aporta l’òrgan i les cèl·lules mare sanguínies), disminuint “l’atac” del receptor contra el nou òrgan.

De moment s’ha provat amb pocs pacients i encara és difícil extrapolar-ho a tothom però, en la majoria dels casos, els receptors d’òrgans als que se’ls ha aplicat aquesta tècnica han pogut abandonar el tractament immunosupressor.

1- Kawai, T. et al. N. Engl. J. Med. 358, 353–361 (2008).

Darrerament, a la recta final de la tesi, m’he dedicat a aprendre a fer dinàmiques moleculars[en]. És quelcom entretingut que té la seva gràcia. No és ni més difícil ni més senzill que la química teòrica de la quàntica pura i dura (que és al que m’he dedicat pràcticament durant aquests darrers quatre anys). Però potser sí que puc dir que és un xic més divertit. Et permet jugar molt més amb el sistema, treballar amb proteïnes senceres i, sense el detall que et proporciona la quàntica, jugar a fer reaccions, a escalfar la proteïna, a fer mutacions,… Concretament el que estic intentant fer és estudiar la reacció de la Format Deshidrogenasa H fent servir l’EVB (Emprirical Valence Bond), un mètode desenvolupat per en Warshel.

El pas previ a la dinàmica en sí, a la reacció, és la relaxació del sistema. Això consisteix, bàsicament i en grans trets, a agafar la proteïna, posar-la en aigua i anar augmentant gradualment la temperatura en periodes de temps determinats. Això em prepara la proteïna per a poder fer la “reacció” en unes condicions determinades, és a dir, si vull fer la “reacció” a 300 K (27ªC), primer he de preparar la proteïna, posar-la amb aigua i, començant des de 0, anar-li augmentant la temperatura fins als 300. Si comencés directament a 300 K,  l’estructura no s’aguantaria.

Quelcom “divertit” de les dinàmiques, són els vídeos que es poden fer. També es poden fer en quàntica, però tenen “menys coses”. Aquí hi ha una relaxació mooolt curteta, 0.5 fempto-segons. El víedo també és curtet, dotze segons. Més endavant, quan tingui ja una bona dinàmica, ja en faré un una mica més elaborat. Gaudiu-lo ràpid

Enllaç al vídeo

Avui s’ha presentat el ‘1,000 Genomes Project‘, un consorci multidisciplinar format per investigadors de diferents centres de recerca i universitats i que té la finalitat de seqüenciar el genoma complet de mil persones. Està previst que el projecte duri tres anys i tingui un cost d’entre 30 i 50 milions de dòl·lars.

Amb la seqüència del genoma complet de mil persones, el consorci, es proposa estudiar la diversitat genètica de la població a gran escala i estudiar les variacions més rellevants que té el nostre DNA. Tota la informació que generi la recerca estarà disponible per la comunitat científica.

Drawing on the expertise of multidisciplinary research teams, the 1000 Genomes Project will develop a new map of the human genome that will provide a view of biomedically relevant DNA variations at a resolution unmatched by current resources. As with other major human genome reference projects, data from the 1000 Genomes Project will be made swiftly available to the worldwide scientific community through freely accessible public databases.

Fa uns dies parlava del Chikungunya, un virus que provoca fortes febres, i dels canvis en la seva distribució mundial, que ha provocat brots en llocs on fins ara no ens podíem imaginar que afectés, degut a una mutació en el vector que la transmet. Avui toca parlar de la malària.

La malària és una malaltia que mata milions de persones cada any. És provocada per bacteris del gènere Plasmodium (en humans: P. falciparum, P. malarie, P. ovale i P. vivax) i es transmet per la picada de les femelles dels mosquits (els mosquits mascles no piquen) del gènere Aedes. Les malàries més importants i freqüents són les produïdes per P. falciparum i P. malarie, la primera és més greu que la primera (és la més mortal) i es localitza, sobretot, a l’Àfrica, mentre que la segona afecta més les zones tropicals i té un pronòstic molt millor, tot i que sempre pot tenir complicacions. L’èxit del tractament de falciparum rau, sobretot, en la rapidesa en el seu diagnòstic.

Ara entra en joc una cinquena espècie de Plasmodium, el P. knowlesi, pròpia dels macacos i que es distribueix sobretot per les zones tropicals del sud-est asiàtic (zones on la malària en humans es produeix, majoritàriament per P. malerie).  L’observació microscòpica d’aquest bacteri pot induir a confusió ja que en els estadis primerencs de la infecció, es pot confondre per P. falciparum i, en infeccions més avançades, la confusió és amb el P.malarie.

Fa temps que, de tant en tant, hi ha persones infectades de P.knowlesi, pot passar, però fins ara es pensaven que eren infeccions minoritàries. Estudis recents, duts a terme per investigadors de Malasia, han demostrat que aquesta freqüència és molt més alta del que fins ara es pensava. Estem parlant d’una zona freqüentada per malarie, de manera que, molts casos del malària dels macacos en humans, fins al moment, s’han considerat malarie mal curades, que poden acabr sent letals.

Les infeccions de knowlesi, si s’enganxaven de seguida, sovint eren diagnosticades (erròniament) com a falciparum, cosa que feia que es tractés amb urgència i amb el tractament adequat. Però, quan aquestes infeccions són diagnosticades com a “malarie mal curada” és quan comencen els problemes: knowlesi es reprodueix molt, i molt ràpid, esdevenint fàcilment letal. A més a més, com he dit, estadis avançats de la malaltia, solen confondre’s (al microscopi) per malarie.

Aquests estudis, fets amb diferents tècniques de biologia molecular, han confirmat que hi ha més malària de macacos en humans del que fins ara ens pensàvem. Això ha induït a molts diagnòstics que ara és sabut que eren erronis. Però, està canviant el bacteri i knowlesi acabarà esdevenint una espècie més de malària en humans? no cal ser alarmistes, però estar al cas: les malalties no són estàtiques.

Tot sovint, els programes de recerca sanitària tant públics com privats van enfocats a les malalties que ens afecten a nosaltres, la gent “del nord”, oblidant malalties tant greus com ara el Chagas, la Malària,… i moltes més. Això fa que em prous feines hi hagi tractament per algunes malalties. Però, què passa quan una d’aquestes malalties arriba al nord?

Aquest és el cas del Chikungunya, una malaltía vírica (febre de chikungunya), que es caracteritza per cansament, vòmits, febres altes,… La malaltia, que no té quimioprofilaxi ni tractament és transmesa pel mosquit Aedes aegypti, en picar animals infectats. Els anys 2005-2006 hi va haver un brot a l’Illa de la Reunión, França i l’any 2007 un altre a l’Índia (on no s’havia detectat cap cas de la malaltia des de feia 32 anys). Recentment hi ha hagut també algun brot a Itàlia.

Què ha passat? un canvi en el vector. A l’episodi de la Reunión es va veure que el moquit que va transmetre la malaltia no era l’A. aegypti, sinó l’A. albopictus, conegut a casa nostra com a mosquit tigre, una espècie que fins ara ens era desconeguda però que s’ha adaptat a casa nostra. Què passa (generalitzant) si es canvia un vector d’una malaltia i a la vegada aquest vector s’adapta a nous medis? doncs, corre-m’hi tots i a investigar el tema.

La SIDA va arribar al nord a principis dels anys 80. Fins al moment ningú n’havia parlat, però feia ja anys (alguna dècada i tot) que s’escampava per l’Àfrica. Hem trigat vint anys en fer-la “crònica”. La pena és que només nosaltres podem “cronificar-la”, allà on ja fa moltes dècades que hi és encara segueixen igual.

Hem de reaccionar sempre així? esperar a que ens arribi quelcom, ens afecti directament, per posar-hi “remei”? a la vegada, hem de ser tant egoistes com per quedar-nos aquest remei. Puc entendre que els laboratoris farmacèutics prefereixin fer antiarrugues abans que guarir el Chagas (tot i que si el Chagas ens afectés directament serien els primers en treure’n profit -mireu el cas de la SIDA-), però i la recerca pública?

Per saber més sobre la situació del Chikungunya, podeu llegir un article publicat ara fa uns dies a la web de la campanya La Salut en el mil·lenni: una signatura pendent.

L’Acadèmia Nacional de Ciències dels Estats Units ha publicat el llibre Science, Evolution, and Creationism, amb la idea de potenciar i justificar amb arguments científics l’evolució en front el creacionisme.  L’Acadèmia Nacional de Ciències i  l’Institut de Medicina han aplegat diversos científics per a que mostrin diferents arguments a favor de l’evolució biològica i analitzin les opcions que ofereixen els diferents moviments creacionistes.

How did life evolve on Earth? The answer to this question can help us understand our past and prepare for our future. Although evolution provides credible and reliable answers, polls show that many people turn away from science, seeking other explanations with which they are more comfortable.

Cal dir que als Estats Units el moviment creacionista, oposat a les bases de l’evolució de Darwin,  té un ampli seguiment i massa social. Algunes escoles d’alguns estats, fins i tot, neguen l’evolució explicant a la mainada diferents teories creacionistes. A Europa, tot i que no hi ha tants creacionistes, en podeu veure alguns per la carretera, no és conya, només cal que busqueu cotxes que duguin un adhesiu amb la silueta d’un peix.

El llibre es pot llegir de franc per internet i es pot comprar des d’aquí per poc més d’onze dòl·lars. No l’he llegit però he vist noticies publicitant-lo en diferents mitjans científics que no el deixen gens malament.