El títol és molt enrabassat. A mode de resum puc dir que parla de la síntesi enantioselectiva d’unes molècules, que tenen un determinat nombre d’anells, anomenades helicens. L’article té una gran part experimental i una petita part teòrica que aporta una mica de llum a la part experimental. Sortirà publicat en el número del 7 de gener de la revista Chemistry - A European journal.

Per què en parlo? doncs per què, encara que hi hagi molts autors i el tema no tingui res a veure amb la meva tesi, és el primer article on apareix el meu nom. L’article és una col·laboració amb un grup d’orgànics (sense cap menyspreu, quan dic orgànics, em refereixo a gent experimental que treballa en química orgànica) de Madrid, la cap dels quals, es va trobar un dels meus directors de tesi en un congrés ara fa més de quatre anys, la conseqüència de la trobada van ser uns càlculs que han acabat formant part de l’article.

Del resum:

The synthesis of enantiopure C-12 methoxy- or alkyl-substituted 5,7,8,12b-tetrahydro[4]helicene quinones 16 and 17 and the 7,8-dihydroaromatic analogues 4 and 5 has been achieved from (SS)-2-(p-tolylsulfinyl)-1,4-benzoquinone. In the first series, with a structure containing both central and helical chiralities, the R absolute configuration of the stereogenic carbon atom was defined after the asymmetric cycloaddition step, whereas the P or M helicity was shown to be dependent on the nature of the C-12 substituent. The size of this group was also defining the configurational stability of the final (P)-7,8-dihydro[4]helicene quinones 4 and 5. The interconversion barriers between the P and M helimers in the latter, computed with a DFT B3LYP method, matched well with the experimentally observed stability. Our study provided evidence that, in addition to steric effects, a small but significant role of electronic effects is governing the configurational stability of such helical quinones.

Prop de San Cristóbal de las Casas, a Chiapas, hi ha un poble anomenat San Juan Chamula. Aquest poble té una sèrie de característiques que el fan especial. Té les seves pròpies lleis, normes de convivència, policia, consell de savis,… en fi, una petita illa al mig del país. Però hi ha un altre fet, que pot semblar curiós, tota la població adulta és intolerant a la lactosa.

Els humans som l’únic animal que hem evolucionat de manera que quan som adults mantenim els enzims necessaris per a assimilar la lactosa. Això permet que, per exemple, mentre escric aquest article, pugui estar prenent un cafè amb llet. De tant en tant podem trobar persones adultes que són intolerants a la llet (a la lactosa de la llet), però és quelcom no massa freqüent.

Doncs bé, a San Juan Chamula, cap adult pot beure llet. És curiós trobar una tan alta densitat d’intolerants a la lactosa. Però ho entendreu si us dic que estem parlant d’una comunitat molt tancada. A San Juan no hi pot anar a viure ningú de fora. Si algú decideix casar-se amb un forani (o forania), la parella ha d’anar a viure fora de la comunitat.

Aquest tancament fa que la variació genètica dins la comunitat sigui reduïda. Que, un fet curiós com la intolerància a la lactosa afecti a tothom. Els avantpassats no podien beure llet, si no entren gens externs, aquest fenotip (característica expressada d’un gen), es manté i es propaga entre els descendents.

Es podria dir que el tancament de la població de San Juan Chamula és relatiu, que no és tant exigent com s’explica, que segur que hi viu gent de fora, però… els gens parlen per si sols. I, en aquest cas, ho fan en forma de no deixar que els adults beguin llet i demostrant que els gens chamulencs no s’han barrejat amb foranis.

L’estudi genètic d’un individu o població ens pot ajudar a estudiar la seva evolució, d’on ve, quins “creuaments” hi ha hagut,… fent un estudi genètic podem veure que la població de San Juan és realment tancada, que el mussol pirinenc és més proper al nòrdic del que ens pensàvem,… és més, hi ha una empresa que, a partir d’una mostra de saliva assegura dir-te d’on vens, això sí, previ pagament dels quasi mil dòl·lars que val el servei.

Escriure un article a una revista científica i fer-ho bé, no sempre és fàcil. Cal, primer de tot, tenir una feina de prou qualitat (insisteixo, per fer-ho bé -hi ha revistes i revistes…-), acurada i ben feta. Després escriure. I, finalment, enviar-ho a la revista en la que vulguis intentar publicar-ho.

Quan arriba a la revista, l’editor (en la majoria dels casos) fa un primer filtre. Si el passes, envia l’article als revisors, que faran els seus comentaris i opinaran sobre l’article. Un revisor pot demanar correccions menors, correccions més importants o, fins i tot, suggerir que l’article sigui refusat.

Ara fa unes setmanes vaig rebre un correu d’una revista de cert renom (en el camp) per fer de revisor d’un article. Vaig acceptar (per si no tenia prou feina…) i em van enviar l’article. Vaig llegir-lo i rellegir-lo i vaig enviar els meus suggeriments. L’article em semblava molt interessant però hi havia alguna cosa de la metodologia que, segons la meva opinió, calia refer i/o justificar per que es feia d’aquella manera. Tot i això, vaig suggerir que l’article fos acceptat si se solucionava el tema.

Avui m’han escrit dient que, veient l’opinió dels revisors, l’article ha estat refusat. M’ha sobtat (la meva revisió no era tant dràstica). Per sort, el correu contenia les revisions dels dos revisors (una altra persona i jo). La meva ja la coneixia, m’he mirat l’altre. He entès per que no ho han publicat.  Article interessant i tal però… patam! ha fulminat la metodologia i el per que de tot plegat. Sense dir directament que calia refusar-lo, suggereix que es refaci tot i després ho tornin a intentar.

Les poques vegades que he hagut de passar per un revisor ha estat per publicacions en les que només hi he col·laborat, i no m’ha afectat massa la revisió. Però veig que realment encara sóc dins de l’ou (i quina port sortir-ne!). No sé si el comentari de l’altre revisor ha estat realment per que el treball està molt mal fet (jo no ho he vist així -però l’altre revisor segur que en sap molt més, i ho dic sense ironia-) o, simplement, per que coneix els autors i són “enemics”. Els revisors som anònims però sabem qui ha escrit l’article que ens han enviat.

Bé, m’he de preparar per quan trenqui la closca…

Els propers 25 i 26 de febrer el CESCA organitza un workshop d’ADF.

Amsterdam Density Functional (ADF) és un programari mecano-quàntic per a sistemes poliatòmics que implementa la teoria del funcional de la densitat (DFT) utilitzant funcions de base de tipus Slater. L’ADF es pot utilitzar en un gran ventall de camps de la ciència que inclouen l’espectroscòpia molecular, la química orgànica i inorgànica, la química farmacèutica i la ciència dels materials. En aquest seminari es presenta ADF, QUILD i ADF-GUI, així com les seves noves funcionalitats.

Aquí podeu trobar més informació i el programa complet de la sessió, que serà en anglès. La inscripció és gratuïta i cal fer-la abans del 31 de gener.

Debian-Med és una distribució debian enfocada a la pràctica mèdica i la recerca científica. Els programes que inclou, tots programari lliure, s’agrupen en diferents categories,  que van des de les més aviat de gestió fins a grups de programes clarament encarats a la recerca, passant per bases de dades de medicaments, documentació,…

A banda de ser una distribució com a tal, part d’aquests programes estan inclosos en la distribució “normal” de Debian, la pega està però, en que molts formen part de la testing i/o la unstable. Les diferents categories també inclouen programari relacionat però que (encara) no forma part dels repositoris Debian.

Pel que fa al programari més científic, destaco el que fa referència a la Biologia molecular ja que inclou una gran quantitat de programes encarats a la manipulació de seqüències, aliniaments, cerques en bases de dades,…

Estructura cristal·logràfica de l’H5N1, la variant més malèvola de la febre aviar.

Imatge del Protein Data Bank

Un grup d’expedicionaris americans i indonesis van estar, al mes de juny, a les muntanyes de Foja, a l’est de Papua. Allà, pel que sembla, van trobar-se amb una possible espècie de mamífer desconeguda: una rata gegant. La rata seria cinc vegades més gran que una rata vulgaris de ciutat.

Trobar i “catalogar” noves espècies de mamífers avui en dia és quelcom poc freqüent, i menys d’aquestes característiques. Però cal tenir en compte que la zona de les muntanyes de Foja és bàsicament un “bosc plujós” pràcticament inexplorat per l’home. Una altra expedició, l’any passat hi va descobrir moltes noves espècies de papallona.

Recull que fa la CNN de les fites més destacables del 2007 pel que fa a ciència i tecnologia. Destaquen:

Windows Vista, Halo 3, iPhone were among year’s releases
Earth-like planet discovered, mummy of Queen Hatshepsut identified
Astronaut falls from grace, bald eagle removed from threatened species list
Google stock tops $700, Microsoft buys Facebook share for $240 million

Hi ha algunes branques de la medicina que diuen que igual cura igual. Doncs bé, la revista Cell Stem Cell publica avui un article on explica que el teixit muscular de persones afectades per la distròfia muscular de Duchenne, conté cèl·lules mare adultes que poden guarir aquest tipus de patologia muscular.

Les distròfies musculars són provocades per una mutació en la distrofina, que provoca problemes musculars i finalment la mort. El que s’ha descobert és que el teixit muscular d’aquestes persones conté unes cèl·lules que, amb una modificació genètica,  poden invertir aquesta mutació i millorar els efectes de la malaltia. L’experiment s’ha fet extreient teixit muscular  de persones afectades per la distròfia muscular de Duchenne, s’han modificat genèticament aquestes cèl·lules i s’han injectat en ratolins malalts. Passats uns dies,  s’ha vist que els ratolins tractats han millorat els efectes de la patologia muscular que els afectava.

Com era d’esperar (i de fet ja ho vaig dir), l’anunci de l’obtenció de cèl·lules mare a partir de la pell, ha animat als sectors més conservadors que, amb excuses ètico-morals, s’oposen a la recerca amb cèl·lules mare embrionàries. Només cal tafanejar una mica per internet per veur-ho.

Segons ells, un embrió és una vida en desenvolupament i matar-lo per tal d’obtenir-ne cèl·lulers mare és matar una vida. Això, ètica i religiosament, no pot ser. No es pot matar una vida! Però si que es pot morir gent per la no actuació científica. Bona ètica aquesta!

Però bé, el que no diu aquesta gent és que la recerca amb cèl·lules mare embrionàries es fa a partir d’embrions descartats de les fecundacions in vitro. M’explico. Quan es fa una fecundació in vitro es fecunden molts òvuls de cop, això fa que si els òvuls implantats a la dona no prosperen, se’n tinguin més ja preparats. Igualment, això permet tenir més òvuls a punt per si, en el futur, la parella desitja tenir més fills. Aquests òvuls fecundats (embrions) es desen congelats en nitrògen líquid durant un periode de temps determinat (ara no el recordo, però no sé si són cinc anys), passat el qual, són destruïts. Aquests són els que, en tot cas, són aprofitats per a fer recerca.

Paral·lelament, i ja a nivell més mèdic, es poden obtenir cèl·lules mare a partir de la sang de cordó umbilical (els famosos bancs de sang de cordó umbilical dels que de tant en tant ens parlen). Aquestes cèl·lules, poden ser emprades per guarir determinades malalties en els primers anys de vida de l’infant. Altres vies d’obtenció de cèl·lules mare amb finalitats directament mèdiques, podria ser la de generar un embrió clònic a un malalt (a partir del seu material genètic) i d’ell obtenir-ne cèl·lules mare.

És en aquest darrer punt en l’únic en que, com a màxim, crec que es podrien agafar aquest opositors tant ètics. En el primer punt, el d’obtenir cèl·lules mare d’embrions congelats, no sé on veuen la no ètica en fer ús d’un material que serà destruït (els hem de mantenir congelats eternament?). En el segon punt, el de la sang de cordó umbilical, no crec que hi pugui haver cap problema ètic. I, en el darrer, crear un embrió per guarir a un malalt, personalment, no hi veig cap problema en crear un embrió per a curar algú que pot morir si no s’hi intervé.

Però el fet és que, oposar-se a la recerca en cèl·lules mare (que, com dic, en cas de cèl·lules mare humanes aquestes venen d’embrions congelats) amb l’excusa de l’ètica ho trobo, com a mínim, una aberració. Personalment, les cèl·lules mare no crec que matin a ningú, tot el contrari! Veure curar el Parkinson d’un avi, o algun problema greu en el desenvolupament d’un infant, són un motiu prou vàlid com per aturar el desenvolupament d’un grup de cèl·lules anomenades embrió.