Ahir al vespre vaig anar a una xerrada sobre les llicències Creative Commons i em va fer pensar en un escrit que fa temps que tinc al tinter. El començo amb una pregunta-reflexió: imagineu que vosaltres produiu quelcom i necessiteu algun servei per fer públic això que produiu. Aquest servei s’ha de pagar. Què és més lògic, A)pagar per a que aquest servei faci públic això que feu? o, B) pagar per a poder llegir allò que aquest servei us ha publicat.

Anant a un nivell més elevat. Penseu en una universitat que produeix molts resultats científics que han de ser publicats. Què és millor, que la universitat pagui per a publicar o que pagui per a, després, poder accedir a llegir allò que ha publicat?

Els mètodes actuals de la majoria d’editores de revistes científiques funcionen publicant de manera gratuïta però cobrant per accedir als continguts. És a dir, jo, com a ciutadà, finanço un sistema de recerca públic però després he de pagar per accedir a allò que produeix aquest sistema de recerca. Els grups poden publicar de manera gratuïta a la majoria de revistes (després de passar per uns determinats “controls de qualitat”) però han de pagar per llegir el que han fet.

És més, sovint, els autors d’aquests articles científics no poden ni difondre els seus propis articles: tots els drets són de l’editora.

Hi ha però algunes alternatives que canvien la mentalitat. Un exemple, les revistes del grup PLoS (Public Library of Science). En elles, i en d’altres que funcionen amb la política de l’accés obert, els grups de recerca paguen per a publicar però, en canvi, tot el contingut és lliure, llicenciat sota una llicència Creative Commons, tothom pot accedir i difondre’n el contingut. És a dir, el servei de publicació es paga per a publicar i no per a llegir. A més a més, a diferència del que passa amb la majoria d’editores, els autors poden difondre tranquil·lament les seves creacions.

Aquestes revistes són encara una minoria (les de PLoS i alguna més) però, espero que poc a poc la filosofia de l’accés lliure es vagi extenent. La qualitat dels articles no es veu perjudicada, aquestes revistes segueixen tots els protocols de revisió d’articles de la resta d’editores i, en canvi, els avenços científics poden ser molt més grans al alliberar tot el coneixement de manera gratuïta i posar-lo a l’abast de tothom.

Doncs sí! ara fa una setmana vaig signar el meu primer contracte com a post-doc. I he de dir que, després d’haver llegit la tesi fa mesos i haver fet la feina de post-doc també durant mesos, fa il·lusió signar un conracte pel que et demanin el títol de doctor i com a categoria labora hi posi “post-doc”. Cal dir que el sou ara també s’ajusta una mica més a la feina que faig.

Per què estic tant content si ja feia de post-doc? doncs perquè fins ara he tingut un contracte com a “bidell” (amb el sou corresponent). Vaig acabar la tesi i vaig començar un post-doc a la Universitat Pompeu Fabra. Per a mi, aquesta entitat sempre havia estat un referent i un exemple d’universitat jove, moderna i dinàmica. He de dir que ho és, com a mínim, en l’ensenyament de biologia humana. Però, en qüestió de personal, està a anys llum de ser una universitat moderna.

Quan vaig signar el contracte em van demanar el títol de llicenciat. Vaig dir que tenia el de doctor i que li entregaria aquest. La responsable de personal amb qui vaig signar el contracte em va dir que amb el graduat escolar n’hi havia prou pel contracte que se’m feia: personal de suport a la recerca. La veritat és que em va sorprendre i decebre. Després, amb calma, vaig mirar la categoria laboral a la que m’havien posat, R4, i a què corresponia segons el conveni:

“Personal especialitzat amb formació professional de grau mitjà o una titulació equivalent…”

És més, amb una jornada laboral de 35 hores. I, el més “curiós” del cas és que, tot i que aquesta categoria laboral té el deure de “fitxar” i el dret a percebre tiquets restaurant, al personal de suport a la recerca (un cul de sac per posar els precaris) no se’ls concedeix ni el deure de fitxar (suposo que es veureia que les hores no quadren) i, com que no fitxen, no tenen dret a les dietes.

A més a més, si es llegeix més el conveni, hi ha un article, el 30è, que fa referencia al grup 4:

[...]Les universitats en les quals hi hagi personal del grup 4 que faci funicions i/o tasques en les que es requereix una formació professional específica, reclassificaran els llocs al grup 3.
Dins el pla de formació de les universitats hi haurà una acció específica per a la formació del grup 4 que els faciliti l’obtenció de les capacitats necessàries per a exercir funcions tècniques en els àmbits d’informàtica, audiovisuals, manteniment, laboratoris i altres.

L’UPF es dedica a contractar personal de recerca, gent amb el títol de doctor, en una categoria per la que no cal tenir pràcticament cap mena de formació. Ells tenen uns diners i escullen la categoria professional dels treballadors en funció del sou i no de les capacitats. Ah! i ho acaben ajustant amb les hores de contracte! jo he tingut la sort de tenir 35 hores setmanals, algun company de feina, està contractat per 25!

Cal dir que, tot i que crec que si faig recerca no em calen tiquets restaurant, ja que he estat mal contractat, he demanat en reiterades ocasions, poder exercir el deure de fitxar i tenir el dret de dietes. Sempre se m’ha negat.

Ara, per sort, ja tinc un contracte com a “Post-doc senior C” a la Fundació IMIM. Una entitat força més antiga que l’UPF però que, com a mínim, ara contracten la gent pel que és.

Segons llegeixo a Depth-First, després de la mort del desenvolupador de Pymol, el manteniment del programa passarà a mans de la coneguda empresa de programari quimioinformàtic Schrödinger.

On January 8, 2010 Schrödinger reached an agreement with the estate of the late Dr. Warren L. DeLano to acquire PyMOL. Schrödinger will take over continued development and maintenance, as well as support and sales of PyMOL, including all current subscriptions. Schrödinger will also continue to actively support the open-source community of PyMOL.

Prior to Warren’s tragic and unexpected passing, he had been working closely with Schrödinger to progressively integrate PyMOL with Schrödinger’s graphical interface, Maestro. With a great sense of humility, we will work hard to pick up as best we can where Warren left off and will strive to honor his memory by continuing in the spirit and tradition of PyMOL.

Video de l’entrevista que a finals de desembre van fer al científic Joan Massagué en el programa Àgora. Me n’havien parlat però fins avui no l’he vist.

Un any més arriba l’1 de desembre, el dia internacional de lluita contra la SIDA. Aquest matí he estat escoltant la ràdio una estona i ens han enriquit amb tot de dades interessants sobre la incidència de la malaltia a casa nostra. Han parlat del nombre de contagis (que sembla ser que és prou estable), dels tipus de relacions en les que hi ha més contagis,… però crec que no han parlat de les morts que provoca la malaltia. I, de fet, per què n’havien de parlar? aquí pràcticament es pot parlar de SIDA com a una malaltia crònica que mata només quan no hi ha tractament o quan hi ha alguna altra patologia seriosa que complica la salut del pacient.

M’alegro que s’hagi arribat a cronificar una malaltia tant seriosa, greu i important com a aquesta. Però m’entristeix que això només passi a aquí (al nord), a on la gent pot accedir a un tractament amb antiretrovirals sense cap mena de problema ni, pràcticament, cost (a Europa). La majoria de la població mundial però no pot pensar en aquesta malaltia com a quelcom crònic i banal. Per desgràcia, la malaltia causa estralls en aquells països on no es pot accedir al tractament amb tanta facilitat. En aquests països, aquesta patologia (crònica per a nosaltres) implica un fort cop econòmic, un pal a la roda en el seu desenvolupament, una gran llosa per les generacions que han de ser el futur.

I, el pitjor de tot és que, si aquí l’hem fet crònica, vol dir que hi ha un tractament, que hi ha una solució. Però és una solució discriminatòria. Una solució que no arriba a tot arreu i que merma i estronca el desenvolupament de moltes regions del planeta.

Em sembla molt bé que l’1 de desembre serveixi per recordar dades i pensar, ni que sigui per uns minuts, en la malaltia. Però crec que s’hauria de donar un tomb a la diada, un tomb reivindicatiu per a exigir que si hi ha una solcuió a un problema tant greu, aquesta arribi a tothom i a tot arreu.

El tema de l’escrit és “off-topic” total, però és la causa de la inactivitat del bloc les darreres setmanes…

Ja el tenim aquí! de fet, el tenim aquí des del passat 13 de novembre. N’hauria volgut parlar abans (me’n moria de ganes) però, com em va dir ja fa mesos un amic meu: “això de ser pare mola, però porta molta feina”. L’Aniol va néixer a les set menys deu del vespre, va pesar 3.040 Kg i mesurar 48 cm.

No sé massa què explicar ni com fer-ho, costa explicar-ho en paraules. Estem contents, emocionats, satisfets,… en fi, que ens cau la baba cada vegada que el mirem. Tot i que hi ha alguns moments d’atabalament per la novatada de l’experiència, ens en sortim prou bé. El noi dorm força,rondina poques vegades i menja prou bé.

El que de moment és el més dur és el dormir per la nit. No és que es porti molt malament, però cada dues-tres hores, nota la panxa buida i rondina. Això de no dormir una nit seguida costa de païr

Crec que puc subscriure l’editorial del Nature d’aquesta setmana sense quasi ni pensar-m’ho. Aquesta revista en el seu moment va parlar de l’esforç que estava fent l’Estat Espanyol en recerca. És hora ara però, que es faci ressò del disbarat que estan aprovant a Madrid. I ho fa, amb linia dura.

Spain should not use the recession as an excuse to stall plans to boost its scientific enterprise.

The past two decades have seen Spain transform itself from a scientific backwater into an internationally respected player in the research world. Much of that progress has occurred since the Socialist Party swept to power in 2004, pledging to turn Spain into an innovation economy (see Nature 451, 1029; 2008).

During the Socialists’ first term in office, for example, they doubled the science budget to just over euro8 billion (US$12 billion), pushing it above 1.1% of the country’s gross domestic product (GDP) and much closer to the European Union average of 1.8% of GDP. The party was re-elected in 2008, having pledged to cut bureaucracy and push funding for research to a target of 2% of GDP. Almost immediately it set up the Ministry of Science and Innovation, finally extracting science from under the purview of the education ministry. Cristina Garmendia, a molecular biologist who has founded several successful biotechnology companies, was appointed as head of the new ministry.

Since then, however, the momentum has been lost. Garmendia’s political inexperience has shown. She was slow to build up a functioning ministry, and has not developed the necessary political clout to convince the government, now grappling with the global recession, to stick to its vision for science.

Granted, the government has bolstered financial support for the country’s budding biotechnology and other high-tech industries. But its draft budget for 2010, unveiled in September, proposed a cut of 45% for directly funded basic research. An outcry from the research community reduced that cut to 15%, and an extra 2.8% top-up for the science ministry is likely to emerge during parliamentary discussions. But this would still be a heavy blow to the country’s research base.

Meanwhile, the government has yet to produce its much-heralded law for science. This was supposed to create an independent granting agency and reform the country’s inflexible system of academic recruitment, under which university professors and government scientists are civil servants with an automatic right to employment until they retire. Dates for the law to be presented to parliament have been set and then withdrawn, apparently because some parts of the government do not want to exclude scientists from rules that apply to other government employees. Hiring new researchers continues to be a difficult and slow process, and it is almost impossible to offer a competitive package of salary and research money. The science ministry now says that the reform law will be presented to parliament before the end of the year, but the research community is losing faith that this will happen.

In the long-term, industry will be poorly served by a failure to develop and maintain a strong basic-research base. Spain is ill-advised to wed itself to the simplistic and outdated notion that a country can live on transferring knowledge while running down the knowledge generator. This is not a wise way to respond to the financial crisis.

Spain would do far better to emulate the commitments made last month by two other European nations as they too wrestle with the economic downturn. In Germany, a rich country with a near-stagnant economy, the centre-right government is cutting back public expenditure for 2010 everywhere except research and education, to which it is giving huge increases (see Nature 462, 24; 2009). In Greece, a poor country with an economy in recession, the centre-left government says it will likewise cut public expenditure for 2010 everywhere except research and education, to which it is giving modest increases. The governments in both countries also plan to remove some of the red tape that restricts research.

Spain enjoyed one great period of intellectual brilliance in the early nineteenth century, referred to as its Silver Age. Until recently, Spanish scientists were optimistic that they were on their way to a second Silver Age. Now they joke that Spain is heading towards a Bronze Age. But they’re not laughing.

Nature 462, 137-138 (12 November 2009) | doi:10.1038/462137b; Published online 11 November 2009

Ara fa quasi un any, en motiu de La Marató de TV3, parlava de la filantropia a casa nostra i em queixava del poc introduïda que tenim aquí la figura del mecenatge científic. És cert, no estem ni a l’alçada d’Europa i, ni molt menys, dels Estats Units. Estem massa acostumats a viure del poder públic i a que l’Estat (o Generalitat) treballi per nosaltres.

Aques matí però, he llegit un escrit a al bloc del Prof. Enric Canela que m’ha sorprès: El mecenatge per a la recerca comença a créixer. En aquest escrit parla d’un article aparegut a La Vanguardia d’ahir en que expliquen que el mecenatge a casa nostra ha passat dels 4.2 milions d’euros el 2005 als 17.9 del 2009.

Tal com diu, encara estem per sota de molts països europeus però és una noticia que m’ha sorprès i m’ha alegrat.

És una “frikada”, ho sé. Però m’ha fet gràcia. Aquests dies estic fent un càlcul gegant, 80 CPUs treballant durant un temps estimat de 30 dies. Aquest càlcul va agafant molècules d’un fitxer i va “jugant” amb elles (fins aquí tota la informació, ja n’explicaré més coses quan el tingui).

Em feia gràcia muntar quelcom per poder veure, de manera senzilla i fora del despatx, com anàven els resultats. I la solució l’he trobat al Twitter. La idea és ben senzilla: un script que s’executa com a dimoni, cada X segons, fa un sumari dels resultats obtinguts fins al moment i envia el resultat a un compte del Twitter. Associó aquest compte al meu ja existent i, ja està, cada vegada que em connecto al Twitter miro com tinc els càlculs.

Per enviar coses al Twitter empro un “truc” que vaig llegir fa un temps aquí. Cal crear (si no es té ja) el fitxer .netrc al home i inserir-hi el codi següent:

1

machine twitter.com login TWITTERUSER password TWITTERPASS

Per enviar quelcom, només cal teclejar:

1

curl -n -d status='EL QUE HI VOLS ENVIAR' https://twitter.com/statuses/update.xml

I ja està. Si es vol automatitzar (que és el que he fet jo), s’escripta i llestos.

Com he dit algunes vegades, empro el pybel a diari.Aquest conjunt de classes que permeten cridar l’openbabel des de qualsevol script python, van molt bé per fer diverses tasques en quimioinformàtica (manejar molècules, càlculs de descriptors, dibuixar molècules,…).

Va molt bé però, cal vigilar amb la memòria quan es treballa amb un gran nombre de molècules (parlo de l’ordre de milions de molècules). Si es fa servir a “petita escala” no hi ha cap problema, ara bé, si s’empra a gran escala cal tenir cura de l’ús de la memòria.

He estat dos dies lluitant amb això. Tenia un programet per analitzar uns quants milions de molècules, totes les proves m’anaven bé fins que en feia ús a gran escala. Aleshores la memòria s’anava carregant gradualment fins a saturar la màquina. M’he mirat el codi de dalt a baix, esborrat totes les variables després de fer-ne ús, escriure tots els fitxers de sortida al moment,… però res, memòria a “tope”. Finalment he vist que l’error venia del pybel (no sé si del propi pybel o de l’openbabel).